Basic Information

Symbol
LCK
RNA class
mRNA
Alias
LCK Proto-Oncogene, Src Family Tyrosine Kinase Lymphocyte Cell-Specific Protein-Tyrosine Kinase T Cell-Specific Protein-Tyrosine Kinase Leukocyte C-Terminal Src Kinase Tyrosine-Protein Kinase Lck EC 2.7.10.2 LSK T-Lymphocyte Specific Protein Tyrosine Kinase P56lck Lymphocyte-Specific Protein Tyrosine Kinase Proto-Oncogene Tyrosine-Protein Kinase LCK P56(LSTRA) Protein-Tyrosine Kinase Proto-Oncogene Lck Protein YT16 EC 2.7.10 Pp58lck P56-LCK P56lck IMD22 YT16
Location (GRCh38)
1:32251244-32286170
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005356.5
Sequence length
2091.0 nt
GC content
0.5701

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-838.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -873.67 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 477.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((......(((..((((((..((....))..).)))))..))).((((((((((((((((((((((((....))))((((((.(((.(((((.(((((((.(((((.(((((..(((((.....(((((((.((...((((.............))))..)).)))))))....)))))...))))).)))))..(((((((((.(......)))).)))))).....))))...))).)))))))).)))))).((...(.((((((((.(((((..(((((((((((((.((....((((((...((((((((.(((((.(.(((((((((((.((((...((((((((((((...((((......))))...))((((((((....((.((((((((((.((((.((((((.((((...(((.((((((((...(((((.......((((.((((...((.....))...).)))))))....((((((...)))))).((((((..((..(.(((.(((.(((...))).)))))).)....))..))))))(((((......))))).(((.......)))))))).)))))).))))))))).)))))).)).))......((((.((((((..(((.((((....(.((((.....)))))...))))..)))..)))))))))).(((......)))((((..........))))))))))))).).))..)))))))).(((((((.(((..((((...))))....)))))).)))))))).))))))..)))).)))))))).....(((((...))))).......))).))))))))))))))))))))..)).).))))..))))))))))))))))))).)).)...))(((((((.(((((..(((((((.((((......)))).((..(((....)))))..((((((((((((....))))..(((.(((((((.......))))))).)))(((.....((((.(((((.(((((((.((((.((..(((....))).)).)))).(((.(((.((((.(.((....)).).)))))))))).........(((((...)))))...)))))))...(((((((((........(((((((((((.(((...)))..)).((((...))))..)))).)))))))))))))).......(((((...)))))..((((((((....))))).))))))))))))..)))...(((((((....(((.....((((((((((((((((.......((((...))))...((((.((..............((........))....(((((((.(((((((((((((((.((((..(((((.....)))))(((((((((.(((.......(((((..(((...(((....)))...)))...))))).(((.(....)))).((((((((((((((....)))...))).)).))))))....))).)))))))..)).))))...))))))))))))...))).)))))))..)))))).(((.((((((((....)))).)))))))..((((((..(....(((((........)))))....)..))))))((((....))))...(((((((((......))))))))).(((((((.(((((.((((((....)).)))))))))...)))))))..(((((...........)))))((((((.........))))))((((((.((((((......((((((.((.((((((((((.....))))))))))...)).))))))......)))))))))))).))).)))))))))))))))).......(((((......(((((((((.(((((((((.......)))..)))))).))).........))))))))))).............))))))).)))))))))))))))...))))).))))))))))))))..).))))))))))))...((((((.((..((.....)).)).)))))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((....,.(((..((((((..((....))..).)))))..)}).((((((((((((((((((({((((....))))((((((.(((.(((((.(((((((.(((((.(((((..(((((.....(((((((.((...{{{{..{.,,,,.....))))..)).)))))))....)))))...))))).)))))..{((((((({.(......}))).)))))}.....))))...))).)))))))).)))))).((.....{|(((((,,(((((..(((((((((((((.((.,..((((((...((((((((.(((((.(.(((((((((((.((((...(((((((((({{...((((......))))...}}((((((((....((.((((((((((.((((.((((((.(((({({(((((,(((((,.......}}},,...,||,}))}},{{(({{...||{.{{{|||||....,.((((((...)))))).|,{((({.,{..,,|||.{||}{,|}}}),)}),||||,|....||{.|}||||{((((......)))))}|||.}}}..}).)))).)}))))),.}))).)))).)))))).)).))....,,,((({(((((({,({,.,,{{,,..,.((({.....}))}....||||..,}}..)))))))}}}.|,|,},,,,)))||||,{........}}))))))))))).).))..)))))))).(((((((.(((..((((...))))....)))))).)))))))))))))))..)))).)))))))).....(((((...))))).......))).)))))))))))))))))))).,)).).))))..))))))))))))))))))).},.....}|(((((((.(((((..(((((((.((((......)))).,,.,(((....)))),..((((((((((((....))))..(((.(((((((.......))))))).)))|,{{{{...((((((((..(((((((.((((.{,..(((....))).,,.)))).(((.(((.((((.{.((....}),}.)))))))}}}.,,......(((((...)))))...)))))))...(((((((((........(((((((((({.{{{...|||,.}}.({{,...,))).,)))).)))))))))))))).......((((({{{,..|{,.((((((((....))))).))).))..})).}}))).,..{|{{{{....{((.....((((((((((((((((.,{{,((({.,..{{{{(,..,(.{{{{,,{||||...,...||||......||,,,..||{,||}|||}||{|||||||{.|||{}||,,,||,,,}}|||{((,,(((,,.(((((((.....))))))).,....}})..)))}}}{{{{..,)))},{((,({{,.,}},.((((((((((((((....)))...))).)).)))))).....,{{|||||||{{||.|||},.,|}|}|}}}}},),,.}.))))}}....||}}|}}.{((,((((((((....)))).))))))),,||||}},}|},,}|||||},,}}}}{|,|||{{....}))))}}((((....}))),..(((((((({......})))))))),(((((((.(((({,((((((....|}|,})}))}))...)))))))}||||{|,,,.,,,....)}}}}((((((.........)))))}((((((.((((((......((((((.((.((((((((((.....))))))))))...)).))))))......)))))))))))).))).)))))))))))))}}}...,,}}|||,}}}}}))),)}||{(({((((({{((,,.....|||..}}}))),)}}..,,,.,|||||,,,,,,,},......,}},}},,}}},..)))))))))))))))...))))).)))))))))))))).,}.))))))))))))...(({(((.{(..((,,...,,.}),)))))}.)))}),,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001042771.3 NCBI
ACUUGUAGCCUGAGGGCUCAGAGGGAGCACCGGUUUGGAGCUGGGACCC… 2090 nt 0.5641
NM_001330468.2 NCBI
GAGACAGGUGGUGGCUACGACGGCGAAGGGAGCUGAGACUGUCCAGGCA… 1938 nt 0.5630
NM_005356.5 NCBI
GAGACAGGUGGUGGCUACGACGGCGAAGGGAGCUGAGACUGUCCAGGCA… 2091 nt 0.5701
Summary

This gene is a member of the Src family of protein tyrosine kinases (PTKs). The encoded protein is a key signaling molecule in the selection and maturation of developing T-cells. It contains N-terminal sites for myristylation and palmitylation, a PTK domain, and SH2 and SH3 domains which are involved in mediating protein-protein interactions with phosphotyrosine-containing and proline-rich motifs, respectively. The protein localizes to the plasma membrane and pericentrosomal vesicles, and binds to cell surface receptors, including CD4 and CD8, and other signaling molecules. Multiple alternatively spliced variants encoding different isoforms have been described. [provided by RefSeq, Aug 2016]

Forensic Context

A study in humans identified LCK as a key prognostic biomarker for immunosuppression in severe burn patients, where its expression was significantly higher in survivors compared to non-survivors and correlated with T-cell subtypes [Zhang et al. DOI:10.3389/fgene.2022.908510].