Basic Information

Symbol
LCOR
RNA class
mRNA
Alias
Ligand Dependent Nuclear Receptor Corepressor MLR2 KIAA1795 C10orf12 Ligand-Dependent Corepressor Mblk1-Related Protein 2 DKFZP564P1916 FLJ38026 FLJ13022 Chromosome 10 Open Reading Frame 12 LCoR
Location (GRCh38)
10:96831803-96995956
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001346516.2
Sequence length
16001.0 nt
GC content
0.4299

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4624.94 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4938.00 kcal/mol
Frequency: 2.51666e-221
Diversity: 3808.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001170765.2 NCBI
AGAAGAUGGCGAGGGUGUGUAGGCGGCAGCAAUGCUCCGUUGAGAGACG… 10321 nt 0.3639
NM_001170766.2 NCBI
AGAAGAUGGCGAGGGUGUGUAGGCGGCAGCAAUGCUCCGUUGAGAGACG… 7744 nt 0.3680
NM_001346516.2 NCBI
AGAAGAUGGCGAGGGUGUGUAGGCGGCAGCAAUGCUCCGUUGAGAGACG… 16001 nt 0.4299
NM_032440.4 NCBI
GCUCGGGCGUGUGCGAAGCGUGAGGUGGAGAUGGGGGCGGAGGGAGCUG… 10389 nt 0.3677
Summary

LCOR is a transcriptional corepressor widely expressed in fetal and adult tissues that is recruited to agonist-bound nuclear receptors through a single LxxLL motif, also referred to as a nuclear receptor (NR) box (Fernandes et al., 2003 [PubMed 12535528]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

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