Basic Information

Symbol
LCT
RNA class
mRNA
Alias
Lactase Lactase/Phlorizin Hydrolase LPH Lactase-Phlorizin Hydrolase-1 Lactase-Glycosylceramidase Lactase/Glycosylceramidase EC 3.2.1 LPH1 LAC
Location (GRCh38)
2:135787850-135837184
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002299.4
Sequence length
6273.0 nt
GC content
0.5224

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2194.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2304.77 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1860.34
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002299.4 NCBI
AACAGUUCCUAGAAAAUGGAGCUGUCUUGGCAUGUAGUCUUUAUUGCCC… 6273 nt 0.5224
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the glycosyl hydrolase 1 family of proteins. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate the mature enzyme. This enzyme is integral to the plasma membrane and has both phlorizin hydrolase activity and lactase activity. Mutations in this gene are associated with congenital lactase deficiency. Polymorphisms in this gene are associated with lactase persistence, in which intestinal lactase activity persists at childhood levels into adulthood. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

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