Basic Information
Symbol
LDB2
RNA class
mRNA
Alias
LIM Domain Binding 2
CLIM1
LDB1
Carboxyl-Terminal LIM Domain-Binding Protein 1
LIM Domain-Binding Factor CLIM1
LIM Domain-Binding Protein 2
LDB-2
LIM Domain-Binding Factor-2
LIM Binding Domain 2
CLIM-1
Location (GRCh38)
4:16501534-16898924
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
MANE select
Transcript ID
NM_001290.5
Sequence length
2384.0 nt
GC content
0.4287
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-613.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-662.37 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
598.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUUCCCAGCCAGCGUGUUCAGCCUGCCUGCCUGCCUGCCUCUGUGUGU… | 2527 nt | 0.4365 | |
| AGUUCCCAGCCAGCGUGUUCAGCCUGCCUGCCUGCCUGCCUCUGUGUGU… | 2384 nt | 0.4287 | |
| AGUUCCCAGCCAGCGUGUUCAGCCUGCCUGCCUGCCUGCCUCUGUGUGU… | 2378 nt | 0.4285 | |
| AGUUCCCAGCCAGCGUGUUCAGCCUGCCUGCCUGCCUGCCUCUGUGUGU… | 2642 nt | 0.4341 |
Summary
The protein encoded by this gene belongs to the LIM-domain binding family. Members of this family are characterized by a conserved nuclear localization sequence, an amino-terminal homodimerization domain and a carboxy-terminal LIM interaction domain. These proteins function as adapter molecules to allow assembly of transcriptional regulatory complexes. Genetic association studies suggest functions for this gene in rhegmatogenous retinal detachment and coronary artery disease. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2015]
Forensic Context
A study in humans demonstrated that the LDB2 (LIM domain binding 2, chromosome 4 position 16575420) is a DNA methylation marker whose methylation decreases with age and was one of 13 markers selected for a forensic age-prediction tool using massive parallel sequencing and a random forest algorithm [Naue et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2017.07.015]. The final model, trained on whole blood from 208 individuals and tested on 104, achieved a mean absolute deviation of 3.16 years on the test set, with the LDB2 contributing to this reliable and accurate epigenetic tool for chronological age estimation.