Basic Information

Symbol
LDHB
RNA class
mRNA
Alias
Lactate Dehydrogenase B Renal Carcinoma Antigen NY-REN-46 L-Lactate Dehydrogenase B Chain LDH Heart Subunit EC 1.1.1.27 LDH-B LDH-H Epididymis Secretory Protein Li 281 Testicular Secretory Protein Li 25 Lactate Dehydrogenase H Chain HEL-S-281 EC 1.1.1 LDHBD TRG-5
Location (GRCh38)
12:21635340-21757890
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002300.8
Sequence length
1303.0 nt
GC content
0.4367

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-358.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -385.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 391.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001174097.3 NCBI
CUUGCAGAGCCGGCGCCGGAGGAGACGCACGCAGCUGACUUUGUCUUCU… 1586 nt 0.4704
NM_001315537.2 NCBI
CUUGCAGAGCCGGCGCCGGAGGAGACGCACGCAGCUGACUUUGUCUUCU… 1303 nt 0.4367
NM_001414233.1 NCBI
CUUGCAGAGCCGGCGCCGGAGGAGACGCACGCAGCUGACUUUGUCUUCU… 1129 nt 0.4384
NM_001414234.1 NCBI
CUUGCAGAGCCGGCGCCGGAGGAGACGCACGCAGCUGACUUUGUCUUCU… 1168 nt 0.4358
NM_001414235.1 NCBI
CUUGCAGAGCCGGCGCCGGAGGAGACGCACGCAGCUGACUUUGUCUUCU… 1179 nt 0.4419
NM_002300.8 NCBI
CUUGCAGAGCCGGCGCCGGAGGAGACGCACGCAGCUGACUUUGUCUUCU… 1303 nt 0.4367
Summary

This gene encodes the B subunit of lactate dehydrogenase enzyme, which catalyzes the interconversion of pyruvate and lactate with concomitant interconversion of NADH and NAD+ in a post-glycolysis process. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. Recent studies have shown that a C-terminally extended isoform is produced by use of an alternative in-frame translation termination codon via a stop codon readthrough mechanism, and that this isoform is localized in the peroxisomes. Mutations in this gene are associated with lactate dehydrogenase B deficiency. Pseudogenes have been identified on chromosomes X, 5 and 13. [provided by RefSeq, Feb 2016]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.