Basic Information

Symbol
LEF1
RNA class
mRNA
Alias
Lymphoid Enhancer Binding Factor 1 Lymphoid Enhancer-Binding Factor 1 TCF1ALPHA TCF7L3 TCF10 T Cell-Specific Transcription Factor 1-Alpha TCF1-Alpha LEF-1 ECTD17 ECTD1
Location (GRCh38)
4:108047545-108168956
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016269.5
Sequence length
3575.0 nt
GC content
0.5192

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1203.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1269.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1095.93
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130713.3 NCBI
GAGAAGCAGUGGGGAGGCGCAGCCGCUCACCUGCGGGGCAGGGCGCGGA… 3491 nt 0.5185
NM_001130714.3 NCBI
GAGAAGCAGUGGGGAGGCGCAGCCGCUCACCUGCGGGGCAGGGCGCGGA… 3450 nt 0.5191
NM_001166119.2 NCBI
AGAUCUGCCUUCUCUAUCCCAAUGGCAGAGGUGGCCAGACAAGCACAAA… 2143 nt 0.4326
NM_016269.5 NCBI
GAGAAGCAGUGGGGAGGCGCAGCCGCUCACCUGCGGGGCAGGGCGCGGA… 3575 nt 0.5192
Summary

This gene encodes a transcription factor belonging to a family of proteins that share homology with the high mobility group protein-1. The protein encoded by this gene can bind to a functionally important site in the T-cell receptor-alpha enhancer, thereby conferring maximal enhancer activity. This transcription factor is involved in the Wnt signaling pathway, and it may function in hair cell differentiation and follicle morphogenesis. Mutations in this gene have been found in somatic sebaceous tumors. This gene has also been linked to other cancers, including androgen-independent prostate cancer. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.