Basic Information

Symbol
LEFTY2
RNA class
mRNA
Alias
Left-Right Determination Factor 2 LEFTYA LEFTA TGFB4 EBAF Endometrial Bleeding-Associated Factor Left-Right Determination Factor A Transforming Growth Factor Beta-4 Protein Lefty-2 Protein Lefty-A TGF-Beta-4 Endometrial Bleeding Associated Factor (Left-Right Determination, Factor A; Transforming Growth Factor Beta Superfamily) Transforming Growth Factor, Beta-4 (Endometrial Bleeding-Associated Factor; LEFTY A)
Location (GRCh38)
1:225936598-225941383
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003240.5
Sequence length
2019.0 nt
GC content
0.5899

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-850.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -883.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 472.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001172425.3 NCBI
ACACCCAGCUGCCUGAGACCCUCCUUCAACCUCCCUAGAGGACAGCCCC… 1917 nt 0.5842
NM_003240.5 NCBI
ACACCCAGCUGCCUGAGACCCUCCUUCAACCUCCCUAGAGGACAGCCCC… 2019 nt 0.5899
Summary

This gene encodes a secreted ligand of the TGF-beta (transforming growth factor-beta) superfamily of proteins. Ligands of this family bind various TGF-beta receptors leading to recruitment and activation of SMAD family transcription factors that regulate gene expression. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate the mature protein, which plays a role in left-right asymmetry determination of organ systems during development. The protein may also play a role in endometrial bleeding. Mutations in this gene have been associated with left-right axis malformations, particularly in the heart and lungs. Some types of infertility have been associated with dysregulated expression of this gene in the endometrium. This gene is closely linked to both a related family member and a related pseudogene. This gene encodes multiple isoforms that may undergo similar proteolytic processing. [provided by RefSeq, Aug 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the LEFTY2 mRNA, evaluated via RT-qPCR, is a specific marker for identifying menstrual blood, with a proposed cutoff ΔCq value of >7 successfully discriminating it from peripheral blood and other forensically relevant body fluids, though it showed cross-reactivity in 2 of 8 semen samples and its expression varied during the menstrual cycle [Akutsu et al. DOI:10.1007/s00414-024-03199-y]. The LEFTY2 was also noted as a menstrual blood-specific mRNA marker in a collaborative exercise evaluating RNA/DNA co-extraction for body fluid identification [Haas et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2015.01.002]. Another human study developing a heptaplex mRNA profiling method mentioned the LEFTY2 as a previously described menstrual blood marker but did not experimentally study it within its own validation [Jakubowska et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2014.07.006].