Basic Information

Symbol
LGALS9
RNA class
mRNA
Alias
Galectin 9 LGALS9A Lectin, Galactoside-Binding, Soluble, 9 Tumor Antigen HOM-HD-21 Galectin-9 Ecalectin Gal-9 Urate Transporter/Channel Protein HUAT
Location (GRCh38)
17:27629798-27649561
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_009587.3
Sequence length
1724.0 nt
GC content
0.5870

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-657.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -685.36 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 595.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330163.2 NCBI
CUUUGUUAAGUCGUUCCCUCUACAAAGGACUUCCUAGUGGGUGUGAAAG… 1465 nt 0.5857
NM_002308.4 NCBI
CUUUGUUAAGUCGUUCCCUCUACAAAGGACUUCCUAGUGGGUGUGAAAG… 1628 nt 0.5842
NM_009587.3 NCBI
CUUUGUUAAGUCGUUCCCUCUACAAAGGACUUCCUAGUGGGUGUGAAAG… 1724 nt 0.5870
Summary

The galectins are a family of beta-galactoside-binding proteins implicated in modulating cell-cell and cell-matrix interactions. The protein encoded by this gene is an S-type lectin. It is overexpressed in Hodgkin's disease tissue and might participate in the interaction between the H&RS cells with their surrounding cells and might thus play a role in the pathogenesis of this disease and/or its associated immunodeficiency. Multiple alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans with acute myocardial infarction demonstrated that the LGALS9 is the primary ligand in the GALECTIN signaling pathway for cell-cell communication, driven by classical and intermediate monocytes in patients with plaque rupture [Jun Qian et al. DOI:10.3389/fimmu.2022.908815]. In a mouse model of septic cardiomyopathy, transcriptome analysis identified the LGALS9 as a crucial immune checkpoint molecule associated with the disease [Zhao et al. DOI:10.2147/JIR.S486763].