Basic Information

Symbol
APC
RNA class
mRNA
Alias
APC Regulator Of Wnt Signaling Pathway DP2.5 PPP1R46 DP2 DP3 Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 46 APC, WNT Signaling Pathway Regulator Adenomatous Polyposis Coli Protein Deleted In Polyposis 2.5 Adenomatosis Polyposis Coli Tumor Suppressor Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Adenomatous Polyposis Coli (APC) WNT Signaling Pathway Regulator Adenomatosis Polyposis Coli Adenomatous Polyposis Coli Protein APC BTPS2 DESMD GS
Location (GRCh38)
5:112707498-112846239
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000038.6
Sequence length
10704.0 nt
GC content
0.3960

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2705.04 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2908.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3036.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
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GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10592 nt 0.4029
NM_001354903.2 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGUCCAAGG… 10401 nt 0.3936
NM_001354904.2 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGACACAUG… 10356 nt 0.3946
NM_001354905.2 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGAAGUACU… 10248 nt 0.3933
NM_001354906.2 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGUCCAAGG… 10890 nt 0.3969
NM_001407446.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10949 nt 0.4060
NM_001407447.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 11102 nt 0.4061
NM_001407448.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10869 nt 0.4004
NM_001407449.1 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGACACAUG… 10866 nt 0.3981
NM_001407450.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10815 nt 0.3994
Showing 11 to 20 of 35 entries
Summary

This gene encodes a tumor suppressor protein that acts as an antagonist of the Wnt signaling pathway. It is also involved in other processes including cell migration and adhesion, transcriptional activation, and apoptosis. Defects in this gene cause familial adenomatous polyposis (FAP), an autosomal dominant pre-malignant disease that usually progresses to malignancy. Mutations in the APC gene have been found to occur in most colorectal cancers, where disease-associated mutations tend to be clustered in a small region designated the mutation cluster region (MCR) and result in a truncated protein product. [provided by RefSeq, Jun 2022] CIViC Summary for APC Gene

Forensic Context

A systematic review of postmortem human brain studies found that the APC, a mature oligodendrocyte marker, was used in maturational staging studies within the ventromedial prefrontal cortex of individuals who died by suicide [Yamamoto et al. DOI:10.3390/Ijms25115750].