Basic Information

Symbol
APC
RNA class
mRNA
Alias
APC Regulator Of Wnt Signaling Pathway DP2.5 PPP1R46 DP2 DP3 Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 46 APC, WNT Signaling Pathway Regulator Adenomatous Polyposis Coli Protein Deleted In Polyposis 2.5 Adenomatosis Polyposis Coli Tumor Suppressor Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Adenomatous Polyposis Coli (APC) WNT Signaling Pathway Regulator Adenomatosis Polyposis Coli Adenomatous Polyposis Coli Protein APC BTPS2 DESMD GS
Location (GRCh38)
5:112707498-112846239
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000038.6
Sequence length
10704.0 nt
GC content
0.3960

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2705.04 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2908.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3036.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001407451.1 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGACACAUG… 10713 nt 0.3979
NM_001407452.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 11018 nt 0.4059
NM_001407453.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10662 nt 0.3993
NM_001407454.1 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGUCCAAGG… 10455 nt 0.3946
NM_001407455.1 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGACACAUG… 10563 nt 0.3958
NM_001407456.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10799 nt 0.4040
NM_001407457.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10566 nt 0.3982
NM_001407458.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10512 nt 0.3972
NM_001407459.1 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGACACAUG… 10509 nt 0.3948
NM_001407460.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10745 nt 0.4031
Showing 21 to 30 of 35 entries
Summary

This gene encodes a tumor suppressor protein that acts as an antagonist of the Wnt signaling pathway. It is also involved in other processes including cell migration and adhesion, transcriptional activation, and apoptosis. Defects in this gene cause familial adenomatous polyposis (FAP), an autosomal dominant pre-malignant disease that usually progresses to malignancy. Mutations in the APC gene have been found to occur in most colorectal cancers, where disease-associated mutations tend to be clustered in a small region designated the mutation cluster region (MCR) and result in a truncated protein product. [provided by RefSeq, Jun 2022] CIViC Summary for APC Gene

Forensic Context

A systematic review of postmortem human brain studies found that the APC, a mature oligodendrocyte marker, was used in maturational staging studies within the ventromedial prefrontal cortex of individuals who died by suicide [Yamamoto et al. DOI:10.3390/Ijms25115750].