Basic Information
Symbol
LGMN
RNA class
mRNA
Alias
Legumain
LGMN1
PRSC1
Protease, Cysteine, 1 (Legumain)
Asparaginyl Endopeptidase
Protease, Cysteine 1
EC 3.4.22.34
AEP
Cysteine Protease 1
Location (GRCh38)
14:92703798-92751131
Forensic tag(s)
-
MANE select
Transcript ID
NM_005606.7
Sequence length
1980.0 nt
GC content
0.5111
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-668.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-706.86 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
574.79
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AAUCACAGCAGUGCCGACGUCGUGGGUGUUUGGUGUGAGGCUGCGAGCC… | 2098 nt | 0.5148 | |
| AAUCACAGCAGUGCCGACGUCGUGGGUGUUUGGUGUGAGGCUGCGAGCC… | 1927 nt | 0.5034 | |
| AAUCACAGCAGUGCCGACGUCGUGGGUGUUUGGUGUGAGGCUGCGAGCC… | 1859 nt | 0.5040 | |
| AAUCACAGCAGUGCCGACGUCGUGGGUGUUUGGUGUGAGGCUGCGAGCC… | 1980 nt | 0.5111 |
Summary
This gene encodes a cysteine protease that has a strict specificity for hydrolysis of asparaginyl bonds. This enzyme may be involved in the processing of bacterial peptides and endogenous proteins for MHC class II presentation in the lysosomal/endosomal systems. Enzyme activation is triggered by acidic pH and appears to be autocatalytic. Protein expression occurs after monocytes differentiate into dendritic cells. A fully mature, active enzyme is produced following lipopolysaccharide expression in mature dendritic cells. Overexpression of this gene may be associated with the majority of solid tumor types. This gene has a pseudogene on chromosome 13. Several alternatively spliced transcript variants have been described, but the biological validity of only two has been determined. These two variants encode the same isoform. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No relevant information is available at the moment.