Basic Information

Symbol
LGR5
RNA class
mRNA
Alias
Leucine Rich Repeat Containing G Protein-Coupled Receptor 5 GPR49 GPR67 HG38 FEX Leucine-Rich Repeat-Containing G-Protein Coupled Receptor 5 G-Protein Coupled Receptor HG38 G-Protein Coupled Receptor 49 G-Protein Coupled Receptor 67 Orphan G Protein-Coupled Receptor HG38 G Protein-Coupled Receptor 49 GRP49
Location (GRCh38)
12:71439797-71586310
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Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003667.4
Sequence length
4583.0 nt
GC content
0.4377

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1259.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1352.08 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1452.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001277226.2 NCBI
GCUCCACACCGCUCAGGCCGCGAGCAGCAGCAAGGCGCACCGCCACUGU… 4511 nt 0.4387
NM_001277227.2 NCBI
GCUCCACACCGCUCAGGCCGCGAGCAGCAGCAAGGCGCACCGCCACUGU… 4367 nt 0.4344
NM_003667.4 NCBI
GCUCCACACCGCUCAGGCCGCGAGCAGCAGCAAGGCGCACCGCCACUGU… 4583 nt 0.4377
Summary

The protein encoded by this gene is a leucine-rich repeat-containing receptor (LGR) and member of the G protein-coupled, 7-transmembrane receptor (GPCR) superfamily. The encoded protein is a receptor for R-spondins and is involved in the canonical Wnt signaling pathway. This protein plays a role in the formation and maintenance of adult intestinal stem cells during postembryonic development. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2015] CIViC Summary for LGR5 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the LGR5 expression was significantly decreased in mice treated with exosomes from irradiated donors following total body irradiation, indicating attenuated intestinal stem cell survival [Li et al. DOI:10.1038/s41401-021-00615-6].