Basic Information

Symbol
LGR6
RNA class
mRNA
Alias
Leucine Rich Repeat Containing G Protein-Coupled Receptor 6 Leucine-Rich Repeat-Containing G-Protein Coupled Receptor 6 FLJ14471 Gonadotropin Receptor VTS20631 GPCR
Location (GRCh38)
1:202193692-202319781
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001017403.2
Sequence length
3649.0 nt
GC content
0.6021

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1491.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1551.54 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1036.14
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((.((((((....(((((((((((((((((.((((((.......).)))))..(((((((..(((.....)))))))))).......))))))))))...(((.(((((((((((..(((.((((((((...((((.(.....).))))..))))).))).)))...............((((((.((((((((((....)))))..))))))).))))...((((.(((((((((((...((((((((.((((((((((((((.(((((((..((((((............))))))..)))((((((((((((((((((...))))))))...((..((((((.(((.(((..((((((((((..(((((.......))))).))))))......)))))))))).(((......))))))))).))(((((((((((...........((((((((...)))))).))(((((((((((..........((((((((((((((((.(((....(((((.(((.((((.(.(......).).)))).)))..........(((((((..((((.(((((((((((((((..(....)..))))))).)))((.((......))))..(((.(((((........))))).)))))))).))))...)))))))(((((((....)))).)))...............(((((((((((.((((((................))))))).(((((......))))).(((...(((((((((.....((((((((.(.((((((((.......(((((((((((..((.((..(((................)))..)).))..)))))........)))))).....)))))).)).))))................((((((((.....))))))))..(((((.((..((((((..((((((..(((((((.((................))..)))))))..((((((((...((((.......(.((((((((...........................)))))))).).(((.(((.(((((((............((((..((((((......))))))...)))).(((((((.((((.((((((((..((((.......)))).))))).)))...((((((((.((((((....(((.(((((((....((.((((...((((....(((((((...)).)))))..))))..)))).))....)).))))).)))..)))))).).)).)))))...(((((((.......))))))).......(((...((((..((((.(((((.....)))))...))))..))))))))))))))))))....))))))).)))))).((.....)).))))))))))))......)))))).....((((((.(((((...((.....)).)))))))))))..))))))..))))))).)))))))).))))))...))).......))))).........))))).((((..((((((.(((((((((....))))))....))))))))).)))).......)))))))))))))...)))))))))))(((((((..(((((((..(((((((.((((.(((((((((((((((.(.....).))))).))))))....(((((....))))).((((.....))))..(((..((.((((..((((...(((((.....)))))))))..)))).)).)))..))))....)))).)))))))....))).((((((((((........).)))).))))).....)))))))))))((((..(((.(((((.....)))))..))).))))((((((((((.(((..((((.(((.((((((..((....)).))))))))).))))...)))....(((((((...(((...(((((........)))))..))))))))))((((((..(((.(((......))).)))..))))))((((((...))))))......))))))))))))))..))))))))))))))))))(((((....))))).))))))))))....)))).)).))....)))))))))).)).))))))..)).))))))))).)))).....))))))).)))).)))..((((((((((...((((((((((((.((..(.((((((((...(((...)))((((..(((((((..((((.(((..((.((((((....))).)))))....)))))))..)))....))))))))....((((((((...(((.(((.(.((.(((.(((((........(((.(((((.(((((((((.......))))....))))).))))).)))((((......))))..(((((..(((((((((((.....(((.((((.((.((.((.((((.(((.(......).))))))).))...)).)).)))).)))......)))))))))))....((((((...........))))))..........)))))))))).))).))...).))).)))...)))))))).))))))))).))))))).....((((((.(((.((((....((((((((((((((((((((((.....(((.......)))((((((((((((.(((((((((((.(((........))).))))..((((((((..((....))..))))..))))))))))).....))))))).)))))...)))))))))))......(((((((((((((((...))))))....)))..))))))((((((.((.(((((((.((((...((((((((((((...(((((((((((((((((((((((.....(((.((((((.......(((((....)))))..(((((....)))))..........(((((..(((((((.(((((....(((((((((((.((((((((((...........))))))))))..))))))))))).....)))))...)))))))...............)))))..................)))))))))..)))))))))))..........................((.((.((((((...(((.((((......))))...))).....))))))))))..(((((...........)))))..)))).))))))))....))))))))..(((.((((((((...(((((..(((.....))).)))))....)))))))).))).(((....)))(((....)))))))...)))).))))))).........)).)).)))))))).))))))).))))))))))))).)))))))((((..(((........)))..))))......(((((.....)))))...(((((((...))))))).....................(((((...)))))..)))))))))).............(((((((((..........))))))))))))))))....))).))))))))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.(((,{((((((....(((((((((((((((((.((((({.......)}})))}..(((((((..{((.....))}))))))).......))))))))))...(((.((((((((((,..(({{(((((((((..(((((({((.{(((.||{{||{.|{{{((,|,.{((((.(((((.{.(((,....((((,{((({..,|||||{{(((({{..,|||...||||}((((,,.||||...{{((,({{||(({((|({{{{{{,{{.,{|{,{|||||{...,|||.,.,,)))},|{,,||((((((,((((((((((,,,,|||||}},.{{((,.((((((.{{{,||||.|||,((((({,.(((((.......))))).))))))......)),},,)))),|||......}},|||}||.,|{({{{(({{{{.{{,.,,,...{,{{,{(((((((((((((.{,,....,((({.....,}}.{((((((((((((((,{((({,..{{(((.(({.((((.{,{.....,|,,.}}}}.))}....,},||.(((((({..{(((|(({((((((,((({,.{({{{.}..},,))))}))).))}}}}...}}},,..(((.(((((........))))).)))}}})).)))).,.))))))}(((((((....)))).))).,,....,..,{,..(({{{,,{(((.((((((................))))))))||{{{......})))},{{{...(((((((({....,((((((((.(.((((((({.......((((((((((({({(({...{||,......,,))).{|||},,}}||||.,,|,||||,,.,.|)))))).....}))))}}|}.}}}}...,............((((((((.....))))))))..{((((.((..((((((..{(((((.{(((((((,((..........{{{.{(((((.,,...,....)))))}.})}{||,,,}}{((,{{{||||{.............,.........,,,,)))}||||,|||,..{({|,,,,,,,.,,)))}.{((((((...((((((......))))))...(((....)))))))))}.((((((((..((((.......)))).)))))},))...(((((({{.((((((....(((.(((((({...,|{,((((...((((.|..((((({{...}).)))))..))))..)))}.))....)).))))).)))..)))))).}.)).)))))...{((((((...{{{{|||||||.....((,....,))....})))}}))))..)))))))|{{{||||{.|||..|.....,,,))).}}}}))))),..(((.{{.((|......,}}}})})))}}},.,,,.}))))}.....(((((,,(((((...{{.....},.)))))))))))..})))))..))))))}.})))))))}})))))...}}}.}},,..|{{||.........}}))),((((..(((((,,(((((((((....})))))....))))))))).))))...,,,.,,,))))))))))...)))))))))))})))))))))))))||||||,|}||})})|}|||((((((((((((.(.....).))))).)))))))...,||||,,.}))))}.,{((,.,,.,,||{{(((..((((.(((.(((((...{((({..{((((((((...,|.{(((({{|{,..{{.{({{....,,}}..,)}}}.}}..|{|{{(((((........)}}}))})))),))))),}...)))))))))}))))))))).})})))),,}|.,,}},}|},{{{{(({{|{,|||,,{((({({(.{.,{,|}}||.}},}}|,||||||},.,,},.}}}))},,}||{{{((...{{|,,.{{(((....,.,.))))),.))))))))}}((((((..(((.(((......))).)))..))))))((((((...))))))..,,,,)}}},)))))}}))}}))).},.,)))),,))),|,|||}}.})))),.,)))))),))...})))))))},))}.)))))),},,,..,.,..))))))))))))..,,,.||{....}}))))))).)))).))).,((((((((((...((((((((((((.((..(.((((((((..,(((..,|}}((((..(((((((..((((.(((..((.((((((....))).)))))....)))))))..))}.,.,))))})))....((((((((.{.(((.((({{.((.(((.(((((........(((.(((((.(((((((((.......))))....))))).))))).)))((({......}))}..(((((..(((((((((((.....(((.((((.((.((.((.((((.(((.(......).))))))).))...)).)).)))).)))......}))))))))))....({((((...,.......))))))..........)))))))))).))).))...).))).))).}.)))))))).))))))))).))))))).....((((((.(((.((((....(((((((((((((((((({.{.,|{{({{{((({,{{|||||{((((((((.({..,|{|||||.||,...}}.}.)))})}}},}|||,,|||}.||}}}})},.,,,...(((((..((((..(((.((.(((.{(((((((.((((((({...{{{{,..{{(((((.(((((({({(((((,,(({....((.,,,,,...,|,||.,,,||},}}|.}}},,)}}))}))))))))))},}||||||(((((((((((...,,({{{(((((({,.....{((((....))))}..(((({....}))))...,,,,...,,{||,,(((((((.(((((..,.(((((((((((.(((((((((({,......,),})))))))))..))))))))))).....)))))...)))))))............,}}))))),................,|},,},))},,))))))))))),,......................}))).)))).)))))))}.))))).)))))))..))))),,.(((((.((((.((((((..((({...})))...(,((.{{{....))))),).{((((((((((..(((.((((((((.,.(((((..(((.....,)).))))).,..)))))))).))){(((....)))|((....)),.))},)))))))).)))))).))...)))))))..))))))).))))))).))))))))))))).)))))))((((..(((........)))..))))}}}}}}|||||.,...|||||{{,(((((({...})))}))),}}}.,}|,......,,...(((((...))))}..}}|||}}}},.............{((((({((,......,,.)))))))}})))))))....))).)))))))))}........,........,.,......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001017403.2 NCBI
ACUCAACAAUGCCUGCCCCUCUCUGACUGCACCGUCCCGGCGCUCCCAC… 3649 nt 0.6021
NM_001017404.2 NCBI
AGAACGAGAGAGGAUCAGCGCGGAGGGUGGCGGGCACUGGACCGCAGAA… 3117 nt 0.5858
NM_021636.3 NCBI
GUAGCAGGCGGGGCACAGAGGAGGGAACGCUUGUGUCUAACUGAUGCUC… 3410 nt 0.5795
Summary

This gene encodes a member of the leucine-rich repeat-containing subgroup of the G protein-coupled 7-transmembrane protein superfamily. The encoded protein is a glycoprotein hormone receptor with a large N-terminal extracellular domain that contains leucine-rich repeats important for the formation of a horseshoe-shaped interaction motif for ligand binding. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the LGR6 was significantly upregulated in the inguinal white adipose tissue of adult animals following burn injury, where it was implicated in adipocyte differentiation and metabolism as part of a transcriptomic profile associated with thermogenesis [Bhattachan et al. DOI:10.1096/fj.202501420R].