Basic Information

Symbol
LIG1
RNA class
mRNA
Alias
DNA Ligase 1 HLig1 LIGI Polydeoxyribonucleotide Synthase [ATP] 1 Ligase I, DNA, ATP-Dependent DNA Ligase I EC 6.5.1.1 IMD96
Location (GRCh38)
19:48115445-48170654
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000234.3
Sequence length
3125.0 nt
GC content
0.5990

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1289.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1337.94 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 867.78
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000234.3 NCBI
AGACGUCUGCGCGCGAAUGCCGUGGCGCGAACUUGGGACUGCAGAGGCG… 3125 nt 0.5990
NM_001289063.2 NCBI
AGACGUCUGCGCGCGAAUGCCGUGGCGCGAACUUGGGACUGCAGAGGCG… 3032 nt 0.6019
NM_001289064.2 NCBI
AGACGUCUGCGCGCGAAUGCCGUGGCGCGAACUUGGGACUGCAGAGGCG… 2921 nt 0.6005
NM_001320970.2 NCBI
AGACGUCUGCGCGCGAAUGCCGUGGCGCGAACUUGGGACUGCAGAGGCG… 3122 nt 0.5993
NM_001320971.2 NCBI
AGACGUCUGCGCGCGAAUGCCGUGGCGCGAACUUGGGACUGCAGAGGCG… 3035 nt 0.6016
Summary

This gene encodes a member of the ATP-dependent DNA ligase protein family. The encoded protein functions in DNA replication, recombination, and the base excision repair process. Mutations in this gene that lead to DNA ligase I deficiency result in immunodeficiency and increased sensitivity to DNA-damaging agents. Disruption of this gene may also be associated with a variety of cancers. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the LIG1 gene, involved in DNA repair, was downregulated as part of the inhibited base excision repair pathway in lung tissue from post-mortem samples of individuals who succumbed to septic shock [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].