Basic Information

Symbol
LIMK1
RNA class
mRNA
Alias
LIM Domain Kinase 1 LIMK EC 2.7.11.1 LIMK-1 LIM Motif-Containing Protein Kinase
Location (GRCh38)
7:74082933-74122527
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002314.4
Sequence length
3355.0 nt
GC content
0.6209

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1424.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1477.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 822.19
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001204426.2 NCBI
AGACCUCCAGAGCCCCCAGUGUAGCCACAGAGGAUGCUGUUGGCUUCAG… 3099 nt 0.6066
NM_002314.4 NCBI
GCUCGCUCCCCAAGCCGCCGCGGCGCCGAGCCGGUUUCCCCGCCGGUGU… 3355 nt 0.6209
Summary

There are approximately 40 known eukaryotic LIM proteins, so named for the LIM domains they contain. LIM domains are highly conserved cysteine-rich structures containing 2 zinc fingers. Although zinc fingers usually function by binding to DNA or RNA, the LIM motif probably mediates protein-protein interactions. LIM kinase-1 and LIM kinase-2 belong to a small subfamily with a unique combination of 2 N-terminal LIM motifs and a C-terminal protein kinase domain. LIMK1 is a serine/threonine kinase that regulates actin polymerization via phosphorylation and inactivation of the actin binding factor cofilin. This protein is ubiquitously expressed during development and plays a role in many cellular processes associated with cytoskeletal structure. This protein also stimulates axon growth and may play a role in brain development. LIMK1 hemizygosity is implicated in the impaired visuospatial constructive cognition of Williams syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms.[provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

A review of studies across multiple species including Drosophila, Aplysia, mice, and rats synthesizes that the LIMK1 is regulated by miR-134 and is involved in BDNF function, synaptic plasticity, and spine development [Bredy et al. DOI:10.1016/J.Nlm.2011.04.004].