Basic Information

Symbol
LIN54
RNA class
mRNA
Alias
Lin-54 DREAM MuvB Core Complex Component CXCDC1 MIP120 JC8.6 TCX1 CXC Domain-Containing Protein 1 Protein Lin-54 Homolog DKFZp686L1814 Lin-54 Homolog (C. Elegans) CXC Domain Containing 1 Lin-54 Homolog KIAA2037
Location (GRCh38)
4:82909973-83012983
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_194282.4
Sequence length
6121.0 nt
GC content
0.3906

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1744.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1858.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1537.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001115007.3 NCBI
AGCGUAUUAUGGGAUGCGGCGGUGGAAUGGGGCUGGGCGCGUGAUUUUG… 5268 nt 0.3779
NM_001115008.3 NCBI
ACUGGUGGUGGCGGCGGCGGCGGCGGCCCGGGCUCCGGCUGUCGGGGAA… 5458 nt 0.3870
NM_001288996.2 NCBI
ACUGGUGGUGGCGGCGGCGGCGGCGGCCCGGGCUCCGGCUGUCGGGGAA… 5854 nt 0.3902
NM_001288997.1 NCBI
AGGGGGAGGUUACUGGUGGUGGCGGCGGCGGCGGCGGCCCGGGCUCCGG… 5217 nt 0.3736
NM_194282.4 NCBI
ACUGGUGGUGGCGGCGGCGGCGGCGGCCCGGGCUCCGGCUGUCGGGGAA… 6121 nt 0.3906
Summary

LIN54 is a component of the LIN, or DREAM, complex, an essential regulator of cell cycle genes (Schmit et al., 2009 [PubMed 19725879]).[supplied by OMIM, Dec 2010]

Forensic Context

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