Basic Information

Symbol
APH1B
RNA class
mRNA
Alias
Aph-1B Gamma-Secretase Subunit PSFL Aph-1 Homolog B, Gamma-Secretase Subunit APH-1B Gamma-Secretase Subunit APH-1B APH1B Gamma Secretase Subunit DKFZp564D0372 Aph-1beta Anterior Pharynx Defective 1 Homolog B (C. Elegans) Anterior Pharynx Defective 1 Homolog B Presenilin-Stabilization Factor-Like PRO1328 TAAV688 APH-1b
Location (GRCh38)
15:63276018-63309126
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_031301.4
Sequence length
4138.0 nt
GC content
0.4198

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1234.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1316.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1021.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001145646.2 NCBI
GUCGGUUUCCGCGGUGGCCAUGACUGCGGCCGUGUUCUUCGGCUGCGCC… 4015 nt 0.4187
NM_031301.4 NCBI
GUCGGUUUCCGCGGUGGCCAUGACUGCGGCCGUGUUCUUCGGCUGCGCC… 4138 nt 0.4198
Summary

This gene encodes a multi-pass transmembrane protein that is a functional component of the gamma-secretase complex, which also contains presenilin and nicastrin. This protein represents a stabilizing cofactor for the presenilin holoprotein in the complex. The gamma-secretase complex catalyzes the cleavage of integral proteins such as notch receptors and beta-amyloid precursor protein. [provided by RefSeq, Sep 2011]

Forensic Context

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