Basic Information

Symbol
LMO2
RNA class
mRNA
Alias
LIM Domain Only 2 RHOM2 RBTN2 TTG2 RBTNL1 T-Cell Translocation Protein 2 T-Cell Translocation Gene 2 Cysteine-Rich Protein TTG-2 LIM Domain Only Protein 2 Rhombotin-Like 1 Rhombotin-2 LMO-2
Location (GRCh38)
11:33858574-33892076
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005574.4
Sequence length
2081.0 nt
GC content
0.5550

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-793.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -829.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 536.22
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((.(((.(((((.((((((((....((.(((((((((((..((((.(((...........)))...))))(((........))))))))).....))))).))..((.((.(((..(((((.(((((((.((((((.(((((...)))))...))))))(((((....((((((((((((.((((..((((((.....((((....((...))...)))).(((..((((.......))))....)))..((((.(((((.((....((((((((((.(((((.......((((((..(((...((((.(.((((((.((((.((((..(((.......(((((((...(((.........(((((((((........)))..))))))..((((.(((((.(((....(.((((((..(.(((((...((((((((...((((((((((((((((.((.(.(((((((.....)).))))).).((((.(((...))).)).))(((((((.((.(((..(((((.(........)))))).))).)).))))))).(((....)))))))))))....)))))))))))).))))))...))))).).((((.((((((.(((((((.....((.(((((((.(((((((.(((((((((((((((.((..((((.(((((.......(.((((.(((.((((((((((.(((.((.((.(.((((....))))))).)).))).).))).))).)))))))))).).......))))).)))).))))))).(((((((((....((((..(((((((((((((((.(((((((((((((..(((....)))..)))).((((..(......)..))))(((((...((((((.((.((....)))).)))))).....)))))...))).))))))........)))).......)))).))))))).(((.((((((((.....))))))).).))))))).)))))))))((((.((.............))))))...)))))))))).))).....))).).))))))).))..))))))).)))))).)))).......(((..(((((((...(((...((((.(.(((((((.(.((...)).).))))))).).)))))))...))))((((((.(((((....)))))..))))))...((((((((((((((.((((.(...((((((.(.....).))).)))))))).))(((..((((......)))).)))(((((......))))).....))))))))))))....)))..))))))))))..))).))))).))))(((((((((((.((....))))))))))))).))).....)))))))...(((((.(((((((.....)))).......).)).)))))..((((((((((((((((((((...((((.........))))...))))))))))).......)))).))))).)))..)))))))).)))).)).).))))..)))((((....((((....(((((((....))).)))).....))))...))))))))))........))))).))))).)))))...)).))))).))))..))))))............)))).))).))))))))).....))))).....))))))).)........(((((((((.......)).)))))))...((((.(.(((((............)))))).))))(((((((.....)))))))............))))..))).)).))....((((((((.((.......))..))))))))........(((((.(((...)))..)))))..)))))))).....((((((...))))))))))))))...)))))).((((((((((...(((((((((((((((((....)))).)))))...................)).))))))..))))))))))......(((.((((((.............)).)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,,(({{((.(((.(((((.{{((((((....((((({{((,..{,,||{{{,{((((((.(((.,.(((((((((((((.((({,(((((((((((.,.(((..(..((((((((.(((((((((.....,,....((({{{..,..,),.})}))}...)))))))))..))).)),}))..)..))).,.))))),,....)))))){{.{,,({((.{(((((...,..((((.......)))),...))).)))))))..}.}}{((((((({.{(..((((((((...........{(((((..(((..(((.((....)).}))....}))..,)}}}}}...........))))).))).(((({({{{........,,,.,|}||||,...((((.(((.,,(((..,.....|...}}}))}})))((((((((...((((((((((((((((,((.,,({((((({....|}.)))))|}.((((.(((...))).)).))(((((((.((.(((..(((((.{........}))))).))).)).))))))).((|...})))))))))))}...}))))))))))).)))))).,|}}},,}).{(((.((((((.(((((({.({..((.(((((((.(((((((.((((((((((,((((.,({{(,(({(((((.{{.{{{({((((.(((.((((((((((.(((.((.((.(.((((....))))))).)).))).).)))},)).)))))))))).....{{{.,,,})}))))}))))}}}.,|{((((((((((((((..(((((((((((,,...,((,,((,,,(((..((({{,.|||{,,,||{((,,..(,.....,..}}))(((((...((((((.((.((....)))).)))))).....))))).}}))).,)))))))}))))}}}..}}.....)))).))))))).(((.((((((({.....})))))).).))))))).)))).)))))))|}||}}}.}}......}),,)))}..)))))))))).))).....))).).))))))).))})))))))).)))))).))))}}.}},,)))))}..(((((((.(((.,((((.(.(((((((.{.((...)).).))))))).).)))},,....,,|.((((((.(((({....}))))..))))))...(((((((((((({(.{(((.{,..((((((.(.....}.))},)},.}})),}}{{{..((({......)))).)))(((((......))))).....))))))))))))...,(((((.(((((....})))).)))))},,,}}|))).)))))))}}))).)))))))))))))),...)))))))))},,,(((((,{{.,{({.....}}}}.........,,.}})))..((((((((((((((((((((...((((.........))))...))))))))))).......)))),})))).|}}},|||,,.{,...,,,,.{|{,.{{{,((((((((((((((((.,{{{{,,(({{({{({,{|({{{{.((|({{{.{{,{.{{||},,})))))}|}|||||||,||||||.,...}}}},,,..,},)))))))...))..)))))).........,)))))))))).|||)}..,,,,{||}|||.}}}},,,..(((((((((.{....})),}))))))..|||{|||}|||||,,},,,}}}}}.}))))}||||,(((((((.....)))))))...,}}}|,,,..{{{.,,,....))},}},((((((((.(({...,,,},..))))))))........{{{{{.(((...))),.}}}}}..})))))}}.....((((({...}))))))))))))).,.)))}}}.((((((((((...((((((((({{{,((({....}))).}}}}|........|||.,,},,.}}).)))))}..)))))))))}......(((.((((((.............)).)))))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001142315.2 NCBI
GCCGCCCCCUCUCUGCCCUCGGCGGCGAGCAGCGCGCCGCGACCCGGGC… 1511 nt 0.5361
NM_001142316.2 NCBI
GCCGCCCCCUCUCUGCCCUCGGCGGCGAGCAGCGCGCCGCGACCCGGGC… 1749 nt 0.5683
NM_005574.4 NCBI
AAACCCUGGAUUUGCAACAUCCUCAAAGAACAGCAACGGGCCUUGAGCA… 2081 nt 0.5550
Summary

LMO2 encodes a cysteine-rich, two LIM-domain protein that is required for yolk sac erythropoiesis. The LMO2 protein has a central and crucial role in hematopoietic development and is highly conserved. The LMO2 transcription start site is located approximately 25 kb downstream from the 11p13 T-cell translocation cluster (11p13 ttc), where a number T-cell acute lymphoblastic leukemia-specific translocations occur. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms.[provided by RefSeq, Nov 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.