Basic Information

Symbol
LMO3
RNA class
mRNA
Alias
LIM Domain Only 3 Rhom-3 RBTNL2 Neuronal-Specific Transcription Factor DAT1 Dopamine Associated Transcription Factor-1 LIM Domain Only Protein 3 Rhombotin-3 RBTN3 RHOM3 DAT1 LIM Domain Only 3 (Rhombotin-Like 2) Rhombotin-Like 2 LMO-3
Location (GRCh38)
12:16548148-16613168
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018640.5
Sequence length
3393.0 nt
GC content
0.3543

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-807.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -876.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 926.11
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001395.2 NCBI
UUCUUCUCAGUGCAUUGGCUGAGACAGAGCGCACGAGACACACACACAU… 3592 nt 0.3591
NM_001243609.1 NCBI
UUCUUCUCAGUGCAUUGGCUGAGACAGAGCGCACGAGACACACACACAU… 3659 nt 0.3621
NM_001243610.1 NCBI
GUCGACUCCUGCAGAGGUCACAUUUUGUGUGCGGGUUUGUCCCCAGCGU… 3431 nt 0.3553
NM_001243611.1 NCBI
AUAUCCUAAUAGAUUGAGAUUCAAACUGAUGCAGCACAUUUUUUACGGG… 3828 nt 0.3670
NM_001243612.1 NCBI
UUCCCCAACCUCUGCUAAUGAGGCAUAAACUGGAGCUGCAACCCAGCUC… 3516 nt 0.3575
NM_001243613.1 NCBI
GUGAUCCCCUGAACCAGGCUUGUGUGGCGGACUUGCGGAGCAGCGACUU… 3596 nt 0.3593
NM_018640.5 NCBI
AAACAAUGCUUCUUUUUGACCUUUCCCAAGGAGAAGCGCUACAAAGCAG… 3393 nt 0.3543
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the rhombotin family of cysteine-rich LIM domain oncogenes. This gene is predominantly expressed in the brain. Related family members, LMO1 and LMO2 on chromosome 11, have been reported to be involved in chromosomal translocations in T-cell leukemia. Many alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

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