Basic Information

Symbol
LMO4
RNA class
mRNA
Alias
LIM Domain Only 4 LIM Domain Transcription Factor LMO4 LIM Domain Only Protein 4 Breast Tumor Autoantigen LMO-4 LIM-Only 4 Protein
Location (GRCh38)
1:87328428-87348923
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006769.4
Sequence length
4993.0 nt
GC content
0.4130

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1373.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1474.09 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1209.79
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001369491.1 NCBI
GAAAUUGUCAGCGGCGGCAAGCGCAGGAAAGUUGAGAGGAGCUCGUGGC… 4699 nt 0.3958
NM_006769.4 NCBI
GCAGCAGCGAUUGCAGCAGUUGCUGCCGCUGCGCCGCGCCUGAAGCCGC… 4993 nt 0.4130
Summary

This gene encodes a cysteine-rich protein that contains two LIM domains but lacks a DNA-binding homeodomain. The encoded protein may play a role as a transcriptional regulator or as an oncogene. [provided by RefSeq, Aug 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the LMO4 transcript, a LIM domain transcription factor, increased in relative abundance within one hour postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].