Basic Information

Symbol
LMO7
RNA class
mRNA
Alias
LIM Domain 7 FBX20 F-Box Only Protein 20 KIAA0858 FBXO20 LIM Domain Only Protein 7 LMO-7 LOMP Zinc-Finger Domain-Containing Protein LIM Domain Only 7 Protein F-Box Protein Fbx20 LIM Domain Only 7 LMO7b
Location (GRCh38)
13:75620434-75859870
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001306080.2
Sequence length
7147.0 nt
GC content
0.4284

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2019.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2153.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2041.65
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001306080.2 NCBI
AAACUGUCGUCGGGGCUGGUGCCGCGCGCUGCCGCUGGGCACCCGCUUC… 7147 nt 0.4284
NM_001330583.1 NCBI
AGAUUCCAGGUGUGGUAUUCCACAGUCGUUCUGUAAUUUGUAAUCAUAG… 6874 nt 0.4155
NM_001366632.2 NCBI
AUUCCACAGUCGUUCUGUAAUUUGUAAUCAUAGAAACAGAAUGUUCCUC… 6729 nt 0.4155
NM_001366633.2 NCBI
GCCACACAAACUAUGCAAUUUAGCCAAUGAACACUAGGUUUCUCCUCAG… 6610 nt 0.4151
NM_001366634.2 NCBI
AUUCCACAGUCGUUCUGUAAUUUGUAAUCAUAGAAACAGAAUGUUCCUC… 6450 nt 0.4149
NM_001366636.2 NCBI
AUUCCACAGUCGUUCUGUAAUUUGUAAUCAUAGAAACAGAAUGUUCCUC… 6556 nt 0.4164
NM_005358.5 NCBI
GGAAAGAAGUGGAAUAAUUAGGAACCUAGGGUGGGGUAGGGUAGCAGGA… 7253 nt 0.3956
NM_015842.2 NCBI
AACAGGUAAUGUUUAACGUGCCAGUCACAAAGAUCACAGAAACAGUGUA… 6791 nt 0.4129
Summary

This gene encodes a protein containing a calponin homology (CH) domain, a PDZ domain, and a LIM domain, and may be involved in protein-protein interactions. Several alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene, however, the full-length nature of some variants is not known. [provided by RefSeq, Jan 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.