Basic Information

Symbol
LNX1
RNA class
mRNA
Alias
Ligand Of Numb-Protein X 1 PDZRN2 MPDZ LNX Ligand Of Numb-Protein X 1, E3 Ubiquitin Protein Ligase RING-Type E3 Ubiquitin Transferase LNX E3 Ubiquitin-Protein Ligase LNX Numb-Binding Protein 1 Multi-PDZ-Domain-Containing Protein, E3 Ubiquitin-Protein Ligase LNX PDZ Domain-Containing Ring Finger Protein 2 PDZ Domain-Containing RING Finger Protein 2 Ligand Of Numb-Protein X EC 2.3.2.27
Location (GRCh38)
4:53459301-53701405
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001126328.3
Sequence length
3978.0 nt
GC content
0.4432

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1134.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1215.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1178.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001126328.3 NCBI
ACAACUCCGGCGGCCCAAGGAGCUGCUCGGUUCACCCACAAGGAAUGAG… 3978 nt 0.4432
NM_032622.3 NCBI
AAGCUCUCUCGCCAACCGUGGUGGCUCCUUGCGUUCCUACAUCCUCUCA… 3751 nt 0.4319
Summary

This gene encodes a membrane-bound protein that is involved in signal transduction and protein interactions. The encoded product is an E3 ubiquitin-protein ligase, which mediates ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of proteins containing phosphotyrosine binding (PTB) domains. This protein may play an important role in tumorogenesis. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been described. A pseudogene, which is located on chromosome 17, has been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.