Basic Information

Symbol
LOX
RNA class
mRNA
Alias
Lysyl Oxidase Protein-Lysine 6-Oxidase EC 1.4.3.13 AAT10
Location (GRCh38)
5:122063195-122078634
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002317.7
Sequence length
5076.0 nt
GC content
0.3958

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1309.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1411.08 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1273.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001178102.2 NCBI
GGCAGCCCUGGAAUCCAGUGCAAACCGCGCGUCUGGCCCCUCCUGCUUC… 4407 nt 0.3528
NM_001317073.1 NCBI
CUUUUCACAUUGCUUUGCAGUCCCGGGCGUCCCCAGUUCUCUUGCUGUC… 4159 nt 0.3364
NM_002317.7 NCBI
AGACACUGCCCGCUCUCCGGGACUGCCGCGCCGCUCCCCGUUGCCUUCC… 5076 nt 0.3958
Summary

This gene encodes a member of the lysyl oxidase family of proteins. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate a regulatory propeptide and the mature enzyme. The copper-dependent amine oxidase activity of this enzyme functions in the crosslinking of collagens and elastin, while the propeptide may play a role in tumor suppression. In addition, defects in this gene have been linked with predisposition to thoracic aortic aneurysms and dissections. [provided by RefSeq, Jul 2016]

Forensic Context

A study in humans analyzing 64,510 cardiomyocytes from acute myocardial infarction (AMI) patients identified three distinct subpopulations based on a composite oxidative stress score, including a low oxidative stress (LOX) subpopulation with a score below 2.061 [Hu et al. DOI:10.3390/antiox14121435].