Basic Information

Symbol
LPA
RNA class
mRNA
Alias
Lipoprotein(A) Lp(A) Apolipoprotein(A) Lipoprotein, Lp(A) Apo(A) LP Antiangiogenic AK38 Protein EC 3.4.21.- EC 3.4.21.7 EC 3.4.21 AK38 APOA
Location (GRCh38)
6:160531482-160664275
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005577.4
Sequence length
6431.0 nt
GC content
0.5187

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2125.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2240.46 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2246.69
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((...((((((......))))))........((((.(.((.(((.((((((.....((((...((((((((((.....))))))))))...))))..........((..(((((((..((((((((((........)))).))))))..(((...((((...((.....)).))))..)))(((((((((.(.(((((((((((((((((((...((((............))))....)))))....................)))))).............)))))..)))...).))))))))).((((..((((...)))))))).....(((((((((.(.((((((.(.(((((((((..(((......)))...((((.....((((......))))(((.(((((((......((((....((((..((.(........).))..))))..))))))))))))))((((((...((.(((((((.......))))))).))....))))))....(((((((((.(.((.((((((((((..((((..(((((.(.........))))))...)))).(((...............)))))))).............)))))..))....).))))))))).((((..((((...)))))))))))).))))))))).).)))))).).)))))))))..)))))))..))....))))))))))).).))))....((((.(((((((......((((....((((..((.(........).))..))))..)))))))))))))))((((((..((((....))))..((((((...(((.......)))...........((((.....))))...(((...(((((((((((((((......(((((((((((((..((((...(((.((((.(((((.........((((...(((..((((((.((((((..(((((.(((((.((((.....(((.(......(((((((((.(.((((((.(.(((((((((..(.(((....((((.((((((((((((((......))))(((.(((((((......((((....((((..((.(........).))..))))..))))))))))))))((((((...((.(((((((.......))))))).))....))))))...((.((..(((((....((((((((((..((((..(((((.(.........))))))...)))).(((...............)))))))).............)))))..)))))..)).))))))).))))).)))).....))).)......))))))))).).)))))).).)))))))))..).)))....)))).))))))))))((((......))))((((..((((..((((((((....)))(((((((((((((((...(((((((((.((((((((((((..((((((...((.(((((((.......))))))).))....)))))).....(((((((((.....))))((((((((((.......(((((((......((((((((((((.((((...............))))...).)).)).)))).))).((.((((...((.((((((((.......))))))))))..)))).)))))))))((((((((((.(((........))).))))).(((((((......))).))))((((.(((...(((.(((((((......((((....((((..((.(........).))..))))..)))))))))))))))))))))..((.(((((((.......))))))).))........))))).......((((.....)))))))))))))).......)))))........(((((((((((((((((((.....((((((((((((..((((((((.....(((..(((...(((((((((.(((((.(((...((((...))))((((((((.(((((((((.(.((((((.(.(((((((((..(((......)))...((((.....((((......))))(((.(((((((......((((....((((..((.(........).))..))))..))))))))))))))((((((...((.(((((((.......))))))).))....))))))....(((((((((.(.((.((((((((((..((((..(((((.(.........))))))...)))).(((...............)))))))).............)))))..))....).))))))))).((((..((((...)))))))))))).))))))))).).)))))).).)))))))))..(((......))).(((((.(((((((((......))))........(((.....((((....))))....)))..(((((.(((((((.((.(((...(((((((..((((((...((.(((((((.......))))))).))....))))))..))))((((.((((.((.((.((...))..)))).)))))))).)))..))))).)))))))....(((...............)))))))).............((((((.......))))))))))).))))).((((...)))))))))))).(((((((((.(.((((((.(.(((((((((..(((((((...((((((((((....)))..(((((..........................))))).)))))))............)))))))((.(((.((((.((.....((((((...(((..((((((((((((((((((((....((((....(((...)))))))....))))......((((..(((((.(.........))))))...))))(((((((.........))))))).)))))....)))).)))......))))..))).)))))))))))).))).))...............))))))))).).)))))).).)))))))))..(((......)))....))))))))((((......)))).........(((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((..((......))..))).)))...))))............(((((.......(((.......))).....)))))..((((.(((...(((..((((((..((((..((((((...(((((((....((..............))...)))))))((((..(((......)))))))......(((((((.((((((....(((((...))))))))))).)))))))..((((((((..(((((...(((((..((.(((....)))...)).))))).)))))))))))))))).)))..))))))))))...(((((((((((.....(((((......(((((..(((((((.((((.((.......))((((((.((((..(((((.....)))))....)))).))))))..(((((..((((((((..(((((((((((((((.((......)).))).))))))).((((............(((((((((((.((.(((....((((((((((((((...))).)))).((((.((((((.((((((.((.(((((........)))))...(((((..((((((...(((((.(((((((.....((((((((.(.(((......((((..(((((............)))))...)))).....))))))))).)))....(((((..(((..(((((.....)))))..))).)))))))))))).....)))))))))))(((((((.(((((((.((......)).))).)))).)))).)))...(((((.....)))))(((....)))......)))))((((((((...))).)))))..)).)))))).)))))).))))....(((((((((.(.((((((.(.((((.(((((..(((..((((.(((........))))))).((((((((((((.((.(((....((((.....))))....)))..))..))))..(((......(((((((((((((((..((.((((((((((((((...(.((....(((.....)))...))).))))))).........((((((((..((((.(((...))))))).)))))))).((.(((((.((.(((............((((((((..(((......)))))))...))))))).)).))))).))))))))).))..)).)))))))))))))))))))))))).(((((...(((((.(...(((.(((((((....((((((((((..((((((....((.(((..((((((.(.(((((.((((..((((................)))).))))))))).)...))).....)))..))).))....))))))...)))).)))..))).....))))))).)))....).))))).((((((((((((.((((.(((...))).))))..)))..((((...............))))..))))))))).....)))))((((....)))).(((......))).(((........))))))...))))).)))).).)))))).).)))))))))..(((((((...........((.(((.....))).))...(((((((.(((.....(((......)))....))).)))))))....)))))))....))))))))))))))).))))))))((.(((((((.((....))..))).))))..))....))))..)))))..))))))))..)))))((((....)))).......(((((((...(((..............(((.....)))((((.((.........))))))..))).))))))).....((((((.(((.....(((.((((..(((.(....).)))(((((.(((........))).)))))...(((((......)))))((((......)))).....))))))).....))).))))))((((((((((((........))))))))...))))..)))).))))))).(((((((((((..((((.(((((((((((.((((((((((((((.(...).)))))......(((((...(((((((((((((((.........(((((................))))).......(((((....)))))...))))))))........))))))).((((((...))))))....)))))(((((((((((.((((.(((.((((((((((....((....))))))))))))...............))).)))).).))))))))))((((.....)))))))))))))..))))......))))))))))).))))......)).)))))((((.(((((((.....((....))..)))))))..)))))))))..)))))))))))).))))..))).))).))))...(((....)))((((.(((........))).)))).........)))))))))....))))).)))))))).....))))))).......((((.....((((.(((.......))))))))))).((((....))))..........))))..)))))...))).)))....))))))))))(((((((.((.......)))).)))))((((......)))).))))..)))))).((((.(((((...))))).))))((((((((.....((((((.((((......)))).......(((((((.(((((((...((((((((((.((..(((((((....)))))..))..))))))))))))))))).....)).)))))))))))))))))))))....))).))))))).))))))))).)))))).........)).)))).)))))).))).....))))))...)))))....)))).((((........)))).))))))))).))))......)))))).((((((((((...))))...))))))..)))))).)))(((((...........)))))................)))))))))((((((..(((((((...)))))))..))))))..)))).))).....))))..))))))))))........))).....))))))))))..)))))....))).......))))))))))))...))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((...(((((({....,)))))}.....{{.((((.(,((,((,{((((((.....((((...((((((((((.....))))))))))...)))),....,....((..(((((((..{{{{{(((((,,.{{{.,|||}{{|||||({(,,...,.|}}}}}|.|}...}}}}))}.}},{((((((((.(.(((((((((((((,(((((..,((({............,,,,.,,}))))),,................,|)))))}.............)))))..}))...}.))))))))).|{{{|.{|||...}}}}}}}}.,,,.(((((((((.(.{{{{{{.|.|||||||||..|||||,|,,||{{..||||)))|}|}||,|||{{{,,{(({,(((((((......((((....((((..((.(........}.))..))))..))))))))))))))||||{||..(({({{{{||}}.,,{,|||,},|,|}....,,))),....,{{{{,((({,.,..||||{{,{{{..|(((,,((((({{{,,......,|||||{{{||||,{((............,..||||||||.,,.,,......,||}}|,,||{.,,||||}}|||||.{{{{{.{{{{...,,}}||||,,,,.|||||||||.|.||||||.|.|||||||||..}||}},|..||{{..|||})))}}}}}|,|||{{{,,{(({,(((((((......((((....((((..((.(........}.))..))))..)))))))))))))))||||||..(({({{{,||}}.,{{,|||,,,|{|}......))),....,||||.((({..,..||}|||,{||..|((({,((((({({{{......,|||||{{{||{{.,((,,...,,,.,,.,.,||||,|||..,.,{......{{|,,|{{{|{.{{{{||,||||||.{((({.{{{{....,|||||,,,,,.(((((((({.{.||||||.|.|||||||||..,,|||....||||.||||||||||{{{(.,....}}}|(({{,,(((({.,,,,{(((,...}|||(,,({{(,,{{{{{.|,||{{||||,{||||||||||||..((((((...((.(((((((.......))))))).))....))))))..,,,|((((.((((.{,.((.((...}}..)}}}.}}}}))))}........|||||||||||||{(((.,.......,..,..||||||||,|,,,{.....,,|||||,.,,|||.||}|}}|||||.|||}}.||||....,||||||||,,.|||||||||.|.||||||.|.|||||||||..{{|,,.,..||||.,|||||||}}|||{,{,,{{|,,|(({{{((((((......((({....((((..((,(........,.}}..))))..}))))))))))}}}|{{{{{,..((,(((({{{.,.....))}}))).))....}})))}..,.{((((({((({.,..|||{({{{||{{|(|{.,{{,||||,........||||||{{{||{|{{((............,,,||||{{{{{{,.,,,,,,.{{{|,||..{{{{,.|,|{||((||{,{{({,.{{{{,..,.||{|||,,,..(((((((((.(.({{{{{.|.|||||||||..{{{.,....|||{.||||,||||||||(,{,.{{||,{(({{{((((((......((({...,((((..((,(.....,..,.}|..))))..})))})))))}|},|(((({...((.(((((((.......))))))).))....}})))}....|{((({{((({.,..||||({{{||,,||||.,||,||}|,........{|||||{{{||{{{(((,,......,,..,,,||||{{{{{{{,,{,..,.{{{|,{|,.,,{{,.|||||||||||.{{{|,.{{{{....,||(((({{,,.(((((((((.(.((((((.(.(((((((((..,{(.,.,,,|||{..{{{,||||||||({{,,{{{,,{(({{(((((((......((((....((((..((.(........,.))..))))..)))))))))))))}||||{|,..((,(((({{{,,.....})}}))},}}....}})))}....{((((((((({.{,.{{|(({{{{{,,(({{..{{{{{,|.........,})))),,|}},,,{{{............,,,}||}||||{{....,,,,.,,|}}}}..||||..,,||||||}}|,||||,.{{{{...,,|||||{,,,,.|||||||||.|.||||||.}.}))))))))..{{(......|||.(((((.(((((((((......)))),{{,....(((.....((((....))))....)))..{,|||.(((((((.((.(((...(((((((..((((((...((.(((((((.......))))))).))....))))))..)))|((((.((((.(,,((.((...))..)))).)))))))),)))..))))).)))))))...{(((..,.........,..))))},}}.............((((((.......))))))))))).))))).||||...,,}})))})})).))))))))).).)))))).).)))))))))...((...({{((((..,,,.}}},,)))},(((((....................,,....)))))})))))}}}}}},{{{{{..|,|.||....))},}})))))))))}}}},.))))))...))))))))))))))))).}}}}}.,,,,....,||...{{{|..,..}}))))))))))))||.,||,{{.........,,{|||||{{.{{,.(((((((.........)))))))...).)}..},}))},)),,},....,,..))))))))))).....})))},.......}}}.}}}).))))))))).).)))))).).)))))))))},|,|},..,,)))|.,.}}})))))||||,,,.,,}|||,....,,,.(((((((((((((((.((((((((((((((,{.{,{{{{({,((....,{(({({{{.,,({,,((|,,{{,{(,,..{{{..,(((({..,((((.,.{{{{{{.....((((((({((,.,....,(({,.{{,||||,{{{{.{({{(((,..(((((((..,.((..............,}...))))))),(((..(((......))))))|{{{(({(.,,|}|.|}|}|.....|||||,..,}}))}))}},.,,(((((((((,(,({{.,{.|,|||||||||....|||{,|||))).....,)))))|))),})))))}}}}))||),.}))|}))..,,...({{((((((({...,,||||{.,...{({((,..||{|||{|||{{.||,,|,,,,|||{{{{{|{{{{,,(|{||..,|||},,}.,}}},,,.,.}))}}.(((((..((((((((..((((((((((((,((,..((,...))),,),))))))).,{{{............{((((((((((.((.((,....{((((({{{((({{...|||,}|||.((((.(((((...})))).))))...},|,||||{|.|}|{{,||||,,{(({(({,.,{{(((,({(((({.....,{||||{|||.|||||....((((((((({{.....,,.....})|}}|..,))}..,,,|||},})}},}}},,..(((((..(((..(((((.....))))).,))}.)))))})))},)})},.}))),)}}},}{({((((,((((,(({..(({...})},})})))).}}}}.}}}...(((((.....))))),{{|,,||||.....||||||((((((((...))).))))).,|{((((((|,,..((.((((((((((((({{(.(((((((,,({(......{{||}..,,...((((.(((........))))))).})))))|,((((.({.(((....((((.....))))....)))..),,.))))..|||......}))))))))))))))..,},}))))))|{{{(((,..{{{{,.,,{{{,...,))}|||..,.,,.,,.,.}},.....{(((((((..((((.(((...))))))).)))))))).{{,{{{|,,,.........}}}...,.((((,{{{.}|||......))))))|{{{||||...))).))))),,||,|||||...}}))}}))}}}}},|||||||||,|,}}}.||.}.})))))))}...,|||.|||||||....||||||||||..||||||}},,|||(((,{((((((.,.(((((.((((..((((.,............}.)))).))))))))),},,,||},{|..|}}.,|||{||{{..||||}}...}}}}.},.,,))).,.,,))))}||,||}.,..}|)))},.{{{|((((,{{{.((((.(({...))).)))),}))},,{(((.......,,,,.,..||||{{||}}}}}},.....,)))))..,))}}..},)))|......,,}|||{,,.,,,,.}}}}...,,))))).)))|,},}})))}.}.}})))))},..{{{{{{{...,,,...,,{|,{{{...,.}))}))},}|({((((.((({{,,,{{{.}}}},|||....})).}))))),....}))})}}....}}})))))))})))).))))))}|((,(((((((.((....))..))).))))..}}}.,.}}}}..)))))..))))))))..)))))({{{.,,.))))..,....(((((((...(({...,..........{{,.....}))((((.((.........))))))..})).)))))))....,((((({,(((,....|{{,{{{{.,,{({{.{{.|{|||{{{{,.|{|..,||,|.}},.}))))}}.{{(((..,.,.)))))||{|...,,,))}))),,,}))))))...,.})),,)))))|(((((((((((........))))))))}..))),..))),,))))))).{{{{{{||,{{.,((((.(((((((((((.((((((((((((((.(...}.)))))......(((((...(((((((((((((((.........(((((................))))).......(((((....)))))...))))))))........))))))).((((({...})))))....)))))(((((((((((.((((.(((.{((((((({{...,((....}}})}}}})))}.,},.,}...,....))).)))).).))))))))))((((.....)))))))))))))..))))......))))))))))},||||{||...}|,|||||{(((.(((((((......,....,|,,||||||}..},)),)))),})}}}|}}}|}}}.}}))..|({{{|........}))))},,))))))}}|,|.},,,},,)))..}}))),,}}},.))))))))),...})))).)))))))).....))))))).......((((.....((({{(((.......))))))))))).((({....))))..,,,..,))))))..}}}}}...}}}.))),,..}}}))))},,((((({{.{{.......},}}.)))))||||.,....||||{||,,.})))))).((((.(((((...))))).))))((((((((.....{{{{((.((((......)))).......(((((((.(((((((...((((((((((.((..(((((((....)))))..))..))))))))))))))))).....)).))))))))))))}))))))))....}))}})))))),,)))))))).)))))))........))}}))}.)))))).))).....)))))),..}))))..,}))),.{{((........)))}.})))))))).))))}.....)))))).((((((((((...))))...))))))..)))))).))){((((...........))))}.,,....,.......})))})))))((((((..(((((({...}))))))..))))))..}))).)}},,,,,)}}}..))))))))))........))).....))))))))))..)))))..,,}},....,,.)))))))},}}}...))))))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005577.4 NCBI
GUAAGUCAACAAUGUCCUGGGAUUGGGACACACUUUCUGGGCACUGCUG… 6431 nt 0.5187
Summary

The protein encoded by this gene is a serine proteinase that inhibits the activity of tissue-type plasminogen activator I. The encoded protein constitutes a substantial portion of lipoprotein(a) and is proteolytically cleaved, resulting in fragments that attach to atherosclerotic lesions and promote thrombogenesis. Elevated plasma levels of this protein are linked to atherosclerosis. Depending on the individual, the encoded protein contains 2-43 copies of kringle-type domains. The allele represented here contains 15 copies of the kringle-type repeats and corresponds to that found in the reference genome sequence. [provided by RefSeq, Dec 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.