Basic Information

Symbol
LPAR1
RNA class
mRNA
Alias
Lysophosphatidic Acid Receptor 1 LPA1 Rec.1.3 Mrec1.3 Gpcr26 Edg-2 Vzg-1 EDG2 Endothelial Differentiation, Lysophosphatidic Acid G-Protein-Coupled Receptor, 2 Lysophosphatidic Acid Receptor Edg-2 LPA Receptor 1 LPA-1 Ventricular Zone Gene 1 VZG1
Location (GRCh38)
9:110871773-111038863
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001351411.2
Sequence length
3818.0 nt
GC content
0.4434

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1147.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1224.23 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001351407.2 NCBI
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUC… 3935 nt 0.4371
NM_001351408.2 NCBI
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUC… 3881 nt 0.4391
NM_001351409.2 NCBI
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUC… 3961 nt 0.4411
NM_001351410.2 NCBI
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUC… 3969 nt 0.4407
NM_001351411.2 NCBI
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUC… 3818 nt 0.4434
NM_001351412.2 NCBI
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUC… 3926 nt 0.4414
NM_001351413.2 NCBI
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUC… 3934 nt 0.4410
NM_001351414.2 NCBI
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUC… 3826 nt 0.4430
NM_001351415.2 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3878 nt 0.4275
NM_001351416.2 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3824 nt 0.4294
Showing 11 to 20 of 76 entries
Summary

The integral membrane protein encoded by this gene is a lysophosphatidic acid (LPA) receptor from a group known as EDG receptors. These receptors are members of the G protein-coupled receptor superfamily. Utilized by LPA for cell signaling, EDG receptors mediate diverse biologic functions, including proliferation, platelet aggregation, smooth muscle contraction, inhibition of neuroblastoma cell differentiation, chemotaxis, and tumor cell invasion. Many transcript variants encoding a few different isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2020]

Forensic Context

A single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the LPAR1 as an orthologous rat gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].