Basic Information

Symbol
LPAR1
RNA class
mRNA
Alias
Lysophosphatidic Acid Receptor 1 LPA1 Rec.1.3 Mrec1.3 Gpcr26 Edg-2 Vzg-1 EDG2 Endothelial Differentiation, Lysophosphatidic Acid G-Protein-Coupled Receptor, 2 Lysophosphatidic Acid Receptor Edg-2 LPA Receptor 1 LPA-1 Ventricular Zone Gene 1 VZG1
Location (GRCh38)
9:110871773-111038863
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001351411.2
Sequence length
3818.0 nt
GC content
0.4434

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1147.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1224.23 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001351417.2 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3761 nt 0.4337
NM_001351418.2 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3869 nt 0.4319
NM_001351419.2 NCBI
GAGGACUUUUAACUAAGUUUCUGUCCAGCCGCCUAACAAACGUGCUUAA… 3662 nt 0.4123
NM_001351420.2 NCBI
AGGAUAAAAACACCAAGUGGCAAGAGAAGGAGGUAGCUUGAGGCAGGAA… 3707 nt 0.4203
NM_001387470.1 NCBI
ACAUUUCCGGGGUUUUGCGGGCCCCGCGAUGUUUUCCAGAGCUUUUCGA… 3651 nt 0.4177
NM_001387471.1 NCBI
ACAUUUCCGGGGUUUUGCGGGCCCCGCGAUGUUUUCCAGAGCUUUUCGA… 3485 nt 0.4135
NM_001387472.1 NCBI
ACAUUUCCGGGGUUUUGCGGGCCCCGCGAUGUUUUCCAGAGCUUUUCGA… 3643 nt 0.4181
NM_001387473.1 NCBI
ACAUUUCCGGGGUUUUGCGGGCCCCGCGAUGUUUUCCAGAGCUUUUCGA… 3835 nt 0.4154
NM_001387474.1 NCBI
ACAUUUCCGGGGUUUUGCGGGCCCCGCGAUGUUUUCCAGAGCUUUUCGA… 3781 nt 0.4171
NM_001387475.1 NCBI
ACAUUUCCGGGGUUUUGCGGGCCCCGCGAUGUUUUCCAGAGCUUUUCGA… 3638 nt 0.4186
Showing 21 to 30 of 76 entries
Summary

The integral membrane protein encoded by this gene is a lysophosphatidic acid (LPA) receptor from a group known as EDG receptors. These receptors are members of the G protein-coupled receptor superfamily. Utilized by LPA for cell signaling, EDG receptors mediate diverse biologic functions, including proliferation, platelet aggregation, smooth muscle contraction, inhibition of neuroblastoma cell differentiation, chemotaxis, and tumor cell invasion. Many transcript variants encoding a few different isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2020]

Forensic Context

A single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the LPAR1 as an orthologous rat gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].