Basic Information

Symbol
LPAR1
RNA class
mRNA
Alias
Lysophosphatidic Acid Receptor 1 LPA1 Rec.1.3 Mrec1.3 Gpcr26 Edg-2 Vzg-1 EDG2 Endothelial Differentiation, Lysophosphatidic Acid G-Protein-Coupled Receptor, 2 Lysophosphatidic Acid Receptor Edg-2 LPA Receptor 1 LPA-1 Ventricular Zone Gene 1 VZG1
Location (GRCh38)
9:110871773-111038863
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001351411.2
Sequence length
3818.0 nt
GC content
0.4434

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1147.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1224.23 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001387476.1 NCBI
ACAUUUCCGGGGUUUUGCGGGCCCCGCGAUGUUUUCCAGAGCUUUUCGA… 3726 nt 0.4208
NM_001387477.1 NCBI
AGCCCCGGCCCUGCCACCACCGUGGGCUGUCGAGCCAAUGAAUGGAGGA… 3711 nt 0.4166
NM_001387478.1 NCBI
AGCCCCGGCCCUGCCACCACCGUGGGCUGUCGAGCCAAUGAAUGGAGGA… 3741 nt 0.4170
NM_001387479.1 NCBI
AGCCCCGGCCCUGCCACCACCGUGGGCUGUCGAGCCAAUGAAUGGAGGA… 3800 nt 0.4147
NM_001387480.1 NCBI
AGCCCCGGCCCUGCCACCACCGUGGGCUGUCGAGCCAAUGAAUGGAGGA… 3652 nt 0.4168
NM_001387481.1 NCBI
AGCCCCGGCCCUGCCACCACCGUGGGCUGUCGAGCCAAUGAAUGGAGGA… 3520 nt 0.4168
NM_001387482.1 NCBI
AGCCCCGGCCCUGCCACCACCGUGGGCUGUCGAGCCAAUGAAUGGAGGA… 3525 nt 0.4162
NM_001387483.1 NCBI
AGCCCCGGCCCUGCCACCACCGUGGGCUGUCGAGCCAAUGAAUGGAGGA… 3795 nt 0.4153
NM_001387484.1 NCBI
AGCCCCGGCCCUGCCACCACCGUGGGCUGUCGAGCCAAUGAAUGGAGGA… 3875 nt 0.4178
NM_001387485.1 NCBI
AGCCCCGGCCCUGCCACCACCGUGGGCUGUCGAGCCAAUGAAUGGAGGA… 3445 nt 0.4134
Showing 31 to 40 of 76 entries
Summary

The integral membrane protein encoded by this gene is a lysophosphatidic acid (LPA) receptor from a group known as EDG receptors. These receptors are members of the G protein-coupled receptor superfamily. Utilized by LPA for cell signaling, EDG receptors mediate diverse biologic functions, including proliferation, platelet aggregation, smooth muscle contraction, inhibition of neuroblastoma cell differentiation, chemotaxis, and tumor cell invasion. Many transcript variants encoding a few different isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2020]

Forensic Context

A single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the LPAR1 as an orthologous rat gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].