Basic Information

Symbol
LPAR1
RNA class
mRNA
Alias
Lysophosphatidic Acid Receptor 1 LPA1 Rec.1.3 Mrec1.3 Gpcr26 Edg-2 Vzg-1 EDG2 Endothelial Differentiation, Lysophosphatidic Acid G-Protein-Coupled Receptor, 2 Lysophosphatidic Acid Receptor Edg-2 LPA Receptor 1 LPA-1 Ventricular Zone Gene 1 VZG1
Location (GRCh38)
9:110871773-111038863
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001351411.2
Sequence length
3818.0 nt
GC content
0.4434

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1147.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1224.23 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001387508.1 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3899 nt 0.4322
NM_001387509.1 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3890 nt 0.4344
NM_001387510.1 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3756 nt 0.4342
NM_001387511.1 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3815 nt 0.4317
NM_001387512.1 NCBI
AGGAUAAAAACACCAAGUGGCAAGAGAAGGAGGUAGCUUGAGGCAGGAA… 3933 nt 0.4213
NM_001387513.1 NCBI
AGGAUAAAAACACCAAGUGGCAAGAGAAGGAGGUAGCUUGAGGCAGGAA… 3904 nt 0.4170
NM_001387514.1 NCBI
GUUUUAGAAAGCAGGGCUGCAUGGUGUGGGGAUGCUGCUGCUACUCAUU… 3435 nt 0.4070
NM_001387515.1 NCBI
GUUUUAGAAAGCAGGGCUGCAUGGUGUGGGGAUGCUGCUGCUACUCAUU… 3513 nt 0.4091
NM_001387516.1 NCBI
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUC… 3653 nt 0.4402
NM_001387517.1 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3883 nt 0.4345
Showing 61 to 70 of 76 entries
Summary

The integral membrane protein encoded by this gene is a lysophosphatidic acid (LPA) receptor from a group known as EDG receptors. These receptors are members of the G protein-coupled receptor superfamily. Utilized by LPA for cell signaling, EDG receptors mediate diverse biologic functions, including proliferation, platelet aggregation, smooth muscle contraction, inhibition of neuroblastoma cell differentiation, chemotaxis, and tumor cell invasion. Many transcript variants encoding a few different isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2020]

Forensic Context

A single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the LPAR1 as an orthologous rat gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].