Basic Information

Symbol
LPAR1
RNA class
mRNA
Alias
Lysophosphatidic Acid Receptor 1 LPA1 Rec.1.3 Mrec1.3 Gpcr26 Edg-2 Vzg-1 EDG2 Endothelial Differentiation, Lysophosphatidic Acid G-Protein-Coupled Receptor, 2 Lysophosphatidic Acid Receptor Edg-2 LPA Receptor 1 LPA-1 Ventricular Zone Gene 1 VZG1
Location (GRCh38)
9:110871773-111038863
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001351411.2
Sequence length
3818.0 nt
GC content
0.4434

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1147.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1224.23 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001387518.1 NCBI
GUUUUAGAAAGCAGGGCUGCAUGGUGUGGGGAUGCUGCUGCUACUCAUU… 3506 nt 0.4090
NM_001387519.1 NCBI
ACAUUUCCGGGGUUUUGCGGGCCCCGCGAUGUUUUCCAGAGCUUUUCGA… 2612 nt 0.4093
NM_001387520.1 NCBI
ACAUUUCCGGGGUUUUGCGGGCCCCGCGAUGUUUUCCAGAGCUUUUCGA… 2835 nt 0.4113
NM_001387521.1 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 2873 nt 0.4285
NM_001401.5 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3603 nt 0.4299
NM_057159.4 NCBI
ACACGGCGCGCUGGGCUCACACUGUCCCGCCGCGGACGGGCUUUGUGGU… 3681 nt 0.4314
Showing 71 to 76 of 76 entries
Summary

The integral membrane protein encoded by this gene is a lysophosphatidic acid (LPA) receptor from a group known as EDG receptors. These receptors are members of the G protein-coupled receptor superfamily. Utilized by LPA for cell signaling, EDG receptors mediate diverse biologic functions, including proliferation, platelet aggregation, smooth muscle contraction, inhibition of neuroblastoma cell differentiation, chemotaxis, and tumor cell invasion. Many transcript variants encoding a few different isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2020]

Forensic Context

A single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the LPAR1 as an orthologous rat gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].