Basic Information
Symbol
LPAR6
RNA class
mRNA
Alias
Lysophosphatidic Acid Receptor 6
P2Y5
P2RY5
Purinergic Receptor P2Y, G-Protein Coupled, 5
Oleoyl-L-Alpha-Lysophosphatidic Acid Receptor
RB Intron Encoded G-Protein Coupled Receptor
Purinergic Receptor 5
P2Y Purinoceptor 5
LPA Receptor 6
LPA-6
Purinergic Receptor P2Y G Protein-Coupled Protein 5
G-Protein Coupled Purinergic Receptor P2Y5
ARWH1
HYPT8
LAH3
Location (GRCh38)
13:48389567-48444704
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
MANE select
Transcript ID
NM_001162498.3
Sequence length
1976.0 nt
GC content
0.3482
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-432.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-476.45 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
598.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAAGCUGAGGAGAAGCUGAUGCCAUGCUUCCUGUACAGCCUGAAGAAC… | 2430 nt | 0.3765 | |
| AGAGAAAGCGACCUCAAGAUACAACUGGCAACUGAGGAAAAGGCCUCAA… | 1976 nt | 0.3482 | |
| AGAAGCUGAGGAGAAGCUGAUGCCAUGCUUCCUGUACAGCCUGAAGAAC… | 2709 nt | 0.3780 | |
| AGAAGCUGAGGAGAAGCUGAUGCCAUGCUUCCUGUACAGCCUGAAGAAC… | 2479 nt | 0.3772 | |
| GAGGUUUCUGGAGGGUGUGGCCCCCAGAGGGCAUGGAAGCUCUGCACCC… | 2876 nt | 0.3943 |
Summary
The protein encoded by this gene belongs to the family of G-protein coupled receptors, that are preferentially activated by adenosine and uridine nucleotides. This gene aligns with an internal intron of the retinoblastoma susceptibility gene in the reverse orientation. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jun 2009]
Forensic Context
A study in humans identified the LPAR6 as an mRNA marker for age estimation, finding it to be increasingly expressed with age in a U.S. whole blood RNA-Seq dataset [Dørum et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102976]. This work, which analyzed dried blood stains and public data, generated candidate marker lists via DESeq2 and lasso regression, with the lasso-selected list achieving a mean absolute error of 4.35 years for age prediction in the U.S. dataset, demonstrating its efficacy for forensic age estimation from biological stains.