Basic Information

Symbol
LRBA
RNA class
mRNA
Alias
LPS Responsive Beige-Like Anchor Protein BGL LBA LAB300 Uc.147 CDC4L LPS-Responsive Vesicle Trafficking, Beach And Anchor Containing Lipopolysaccharide-Responsive And Beige-Like Anchor Protein CDC4-Like Protein Vesicle Trafficking, Beach And Anchor Containing Beige-Like Protein CVID8
Location (GRCh38)
4:150264435-151015755
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001364905.1
Sequence length
10148.0 nt
GC content
0.4244

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2938.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3134.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2949.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199282.2 NCBI
AUCUCCGCCGCCACCUCGGUCUCGCUGCUCCUGGGCGGGGGGUGAGGAC… 9919 nt 0.4257
NM_001364905.1 NCBI
GCCUUUUCCUGCCCUGGAUCUCCGCCGCCACCUCGGUCUCGCUGCUCCU… 10148 nt 0.4244
NM_001367550.1 NCBI
AGCACUCGGCGCUGUCAUGGCGGCCGGGAGCAGCUUCAGUGGGCACACG… 10335 nt 0.4293
NM_006726.4 NCBI
AGGGAAACUUGGAGGCUGCGACCAGGGUUUGGCGUUGUUGUCAGCCUCG… 9914 nt 0.4241
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the WDL-BEACH-WD (WBW) gene family. Its expression is induced in B cells and macrophages by bacterial lipopolysaccharides (LPS). The encoded protein associates with protein kinase A and may be involved in leading intracellular vesicles to activated receptor complexes, which aids in the secretion and/or membrane deposition of immune effector molecules. Defects in this gene are associated with the disorder common variable immunodeficiency-8 with autoimmunity. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2012]

Forensic Context

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