Basic Information

Symbol
LRMDA
RNA class
mRNA
Alias
Leucine Rich Melanocyte Differentiation Associated CDA017 Leucine-Rich Melanocyte Differentiation-Associated Protein C10orf11 OCA7 Leucine-Rich Repeat-Containing Protein C10orf11 Oculocutaneous Albinism 7, Autosomal Recessive Chromosome 10 Open Reading Frame 11
Location (GRCh38)
10:75431624-76560168
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry-related diagnoses Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001305581.2
Sequence length
3662.0 nt
GC content
0.4446

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1077.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1150.05 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1044.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001305581.2 NCBI
AGUGCGGAACUGUGCGCCCGCCGCGCUCCCCUGCCGCGCUCCCCGCUGC… 3662 nt 0.4446
NM_032024.5 NCBI
GUUGAAGAAAGAGGAUCUGGCUGAAAGACCCGCAACUUUCACUUGUUGA… 3692 nt 0.4304
Summary

This gene encodes a leucine-rich repeat protein. The encoded protein is thought to play a role in melanocyte differentiation. Mutations in this gene have been associated with autosomal recessive oculocutaneous albinism 7 (OCA7). Alternatively spliced transcript variants have been identified. [provided by RefSeq, Mar 2015]

Forensic Context

A study in human datasets identified the LRMDA as a marker for microglia, used for manual annotation of microglia clusters in an Alzheimer's disease single-nucleus RNA sequencing dataset [Xue et al. DOI:10.3233/JAD-230559]. A study in humans demonstrated that the LRMDA was downregulated during short-term weight loss in subcutaneous adipose tissue of obese participants [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].