Basic Information

Symbol
LRP2
RNA class
mRNA
Alias
LDL Receptor Related Protein 2 Gp330 Megalin DBS Low-Density Lipoprotein Receptor-Related Protein 2 Glycoprotein 330 LRP-2 Low Density Lipoprotein Receptor-Related Protein 2 Heymann Nephritis Antigen Homolog Calcium Sensor Protein EC 3.4.21.9 EC 1.1.2.3
Location (GRCh38)
2:169127109-169362534
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004525.3
Sequence length
15657.0 nt
GC content
0.4590

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4873.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -5159.58 kcal/mol
Frequency: 2.2025e-202
Diversity: 3343.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004525.3 NCBI
AGGCUUUUGGCCACUAGGAGCUGGCGGAGGUGCAGACCUAAAGGAGCGU… 15657 nt 0.4590
Summary

The protein encoded by this gene, low density lipoprotein-related protein 2 (LRP2) or megalin, is a multi-ligand endocytic receptor that is expressed in many different tissues but primarily in absorptive epithilial tissues such as the kidney. This glycoprotein has a large amino-terminal extracellular domain, a single transmembrane domain, and a short carboxy-terminal cytoplasmic tail. The extracellular ligand-binding-domains bind diverse macromolecules including albumin, apolipoproteins B and E, and lipoprotein lipase. The LRP2 protein is critical for the reuptake of numerous ligands, including lipoproteins, sterols, vitamin-binding proteins, and hormones. This protein also has a role in cell-signaling; extracellular ligands include parathyroid horomones and the morphogen sonic hedgehog while cytosolic ligands include MAP kinase scaffold proteins and JNK interacting proteins. Recycling of this membrane receptor is regulated by phosphorylation of its cytoplasmic domain. Mutations in this gene cause Donnai-Barrow syndrome (DBS) and facio-oculoacoustico-renal syndrome (FOAR).[provided by RefSeq, Aug 2009]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the LRP2 exhibited a Gini impurity score of 0, being present in most pure urine samples and in some mixtures containing urine while being absent in mixtures without urine, supporting its role as a discriminatory protein for body fluid classification [Shehata et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103343].