Basic Information

Symbol
LRP6
RNA class
mRNA
Alias
LDL Receptor Related Protein 6 ADCAD2 Low-Density Lipoprotein Receptor-Related Protein 6 LRP-6 Low Density Lipoprotein Receptor-Related Protein 6 STHAG7 EVR8
Location (GRCh38)
12:12116025-12267185
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002336.3
Sequence length
10252.0 nt
GC content
0.4095

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2941.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3148.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2456.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001414244.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 5592 nt 0.4744
NM_001414245.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 5487 nt 0.4717
NM_001414246.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 5364 nt 0.4735
NM_001414247.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 5301 nt 0.4767
NM_001414248.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 5613 nt 0.4719
NM_001414249.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 4990 nt 0.4721
NM_001414250.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 5003 nt 0.4717
NM_001414251.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 5136 nt 0.4727
NM_001414252.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 5105 nt 0.4772
NM_001414253.1 NCBI
GUAUCCCUGCGCCGCUGCGCGAGGCAGAGGCUGAAUGAGGAGCUGCGCG… 5416 nt 0.4714
Showing 1 to 10 of 13 entries
Summary

This gene encodes a member of the low density lipoprotein (LDL) receptor gene family. LDL receptors are transmembrane cell surface proteins involved in receptor-mediated endocytosis of lipoprotein and protein ligands. The protein encoded by this gene functions as a receptor or, with Frizzled, a co-receptor for Wnt and thereby transmits the canonical Wnt/beta-catenin signaling cascade. Through its interaction with the Wnt/beta-catenin signaling cascade this gene plays a role in the regulation of cell differentiation, proliferation, and migration and the development of many cancer types. This protein undergoes gamma-secretase dependent RIP- (regulated intramembrane proteolysis) processing but the precise locations of the cleavage sites have not been determined.[provided by RefSeq, Dec 2009]

Forensic Context

A study in mouse embryonic neural stem cells demonstrated that ethanol exposure during differentiation down-regulated the LRP6 mRNA, as confirmed by quantitative real-time PCR [Mandal et al. DOI:10.1007/S11033-015-3862-1].