Basic Information

Symbol
LRRTM4
RNA class
mRNA
Alias
Leucine Rich Repeat Transmembrane Neuronal 4 Leucine-Rich Repeat Transmembrane Neuronal Protein 4 FLJ12568
Location (GRCh38)
2:76747685-77593319
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001134745.3
Sequence length
3198.0 nt
GC content
0.4315

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-880.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -941.65 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 864.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001134745.3 NCBI
AGUGUAUCACAAACUCAAGCAUUAGCACCAACAAGCUCUGAGCAUCAUC… 3198 nt 0.4315
NM_001282924.3 NCBI
AGUGUAUCACAAACUCAAGCAUUAGCACCAACAAGCUCUGAGCAUCAUC… 3128 nt 0.4300
NM_001282928.3 NCBI
AGUGUAUCACAAACUCAAGCAUUAGCACCAACAAGCUCUGAGCAUCAUC… 3475 nt 0.3807
NM_001330370.2 NCBI
AGUGUAUCACAAACUCAAGCAUUAGCACCAACAAGCUCUGAGCAUCAUC… 3047 nt 0.4286
NM_024993.6 NCBI
AGUGUAUCACAAACUCAAGCAUUAGCACCAACAAGCUCUGAGCAUCAUC… 3626 nt 0.3853
Summary

Predicted to enable heparan sulfate proteoglycan binding activity. Predicted to be involved in regulation of synapse assembly. Predicted to act upstream of or within AMPA glutamate receptor clustering; positive regulation of synapse assembly; and regulation of presynaptic membrane organization. Predicted to be located in postsynaptic membrane. Predicted to be part of AMPA glutamate receptor complex. Predicted to be active in several cellular components, including GABA-ergic synapse; photoreceptor ribbon synapse; and postsynaptic density membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans characterized the platelet transcriptome in acute myocardial infarction patients, identifying the LRRTM4 as having increased expression in non-ST-segment elevation myocardial infarction (NSTEMI) platelets compared to ST-segment elevation myocardial infarction (STEMI) platelets [Eicher et al. DOI:10.3109/09537104.2015.1083543].