Basic Information

Symbol
LSAMP
RNA class
mRNA
Alias
Limbic System Associated Membrane Protein IGLON3 LAMP Limbic System-Associated Membrane Protein IgLON Family Member 3
Location (GRCh38)
3:115802374-117997592
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002338.5
Sequence length
9416.0 nt
GC content
0.4064

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2642.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2821.51 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1916.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001318915.2 NCBI
GCUGUGUGGCUGUUUCUGUACACUCACUGGCAGGCUUGGUGCCGGCUCC… 9485 nt 0.4069
NM_002338.5 NCBI
GCUGUGUGGCUGUUUCUGUACACUCACUGGCAGGCUUGGUGCCGGCUCC… 9416 nt 0.4064
Summary

This gene encodes a member of the immunoglobulin LAMP, OBCAM and neurotrimin (IgLON) family of proteins. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate a neuronal surface glycoprotein. This protein may act as a selective homophilic adhesion molecule during axon guidance and neuronal growth in the developing limbic system. The encoded protein may also function as a tumor suppressor and may play a role in neuropsychiatric disorders. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the LSAMP exhibited a Gini impurity score of 0, being present in all pure seminal fluid samples and in mixtures containing semen while being absent in mixtures without semen, confirming its role as a discriminatory protein for body fluid classification [Shehata et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103343].