Basic Information

Symbol
LSM6
RNA class
mRNA
Alias
LSM6 Homolog, U6 Small Nuclear RNA And MRNA Degradation Associated YDR378C U6 SnRNA-Associated Sm-Like Protein LSm6 LSM6 Homolog, U6 Small Nuclear RNA Associated (S. Cerevisiae) LSM6 U6 Small Nuclear RNA And MRNA Degradation Associated LSM6 Homolog, U6 Small Nuclear RNA Associated Sm Protein F
Location (GRCh38)
4:146175685-146204436
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007080.3
Sequence length
2226.0 nt
GC content
0.4021

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-607.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -649.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 641.78
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_007080.3 NCBI
CCCUGCCUCGGCGCUUUCGGUUUUGGCUGGGAUCAUCCGCGGCGGCCGG… 2226 nt 0.4021
Summary

Sm-like proteins were identified in a variety of organisms based on sequence homology with the Sm protein family (see SNRPD2; MIM 601061). Sm-like proteins contain the Sm sequence motif, which consists of 2 regions separated by a linker of variable length that folds as a loop. The Sm-like proteins are thought to form a stable heteromer present in tri-snRNP particles, which are important for pre-mRNA splicing.[supplied by OMIM, Apr 2004]

Forensic Context

A multi-omics study in human postmortem prefrontal cortex (Brodmann Area 9) from individuals with cocaine use disorder identified the LSM6 as a nominally significant differentially expressed gene associated with spliceosome function [Zillich et al. DOI:10.1038/S41398-024-03139-9].