Basic Information

Symbol
LTBP1
RNA class
mRNA
Alias
Latent Transforming Growth Factor Beta Binding Protein 1 Transforming Growth Factor Beta-1-Binding Protein 1 TGF-Beta1-BP-1 Latent-Transforming Growth Factor Beta-Binding Protein 1 LTBP-1 ARCL2E
Location (GRCh38)
2:32946472-33399509
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_206943.4
Sequence length
6502.0 nt
GC content
0.5129

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2275.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2393.26 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1694.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000627.4 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5294 nt 0.4639
NM_001166264.2 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5168 nt 0.4632
NM_001166265.2 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5135 nt 0.4639
NM_001166266.2 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5009 nt 0.4632
NM_001394905.1 NCBI
GGAGUGUCCCGCGCGCUCUCGCUCGCUCUCGGCCACCCUCGCCGGGCCC… 6343 nt 0.5141
NM_001394906.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5291 nt 0.4640
NM_001394907.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5207 nt 0.4638
NM_001394908.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5174 nt 0.4637
NM_001394909.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5168 nt 0.4646
NM_001394910.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5165 nt 0.4633
Showing 1 to 10 of 27 entries
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of latent TGF-beta binding proteins (LTBPs). The secretion and activation of TGF-betas is regulated by their association with latency-associated proteins and with latent TGF-beta binding proteins. The product of this gene targets latent complexes of transforming growth factor beta to the extracellular matrix, where the latent cytokine is subsequently activated by several different mechanisms. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the LTBP1 was down-regulated specifically by Kupffer cell-specific exposure to α-particles in liver tissue [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078]. In human trauma patients, the LTBP1 mRNA was significantly downregulated in circulating T cells during the injury stage compared to the recovery stage [Rau et al. DOI:10.2147/JIR.S375881].