Basic Information

Symbol
LTBP1
RNA class
mRNA
Alias
Latent Transforming Growth Factor Beta Binding Protein 1 Transforming Growth Factor Beta-1-Binding Protein 1 TGF-Beta1-BP-1 Latent-Transforming Growth Factor Beta-Binding Protein 1 LTBP-1 ARCL2E
Location (GRCh38)
2:32946472-33399509
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_206943.4
Sequence length
6502.0 nt
GC content
0.5129

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2275.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2393.26 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1694.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001394911.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5165 nt 0.4647
NM_001394912.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5150 nt 0.4616
NM_001394913.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5132 nt 0.4640
NM_001394914.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5084 nt 0.4644
NM_001394915.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5084 nt 0.4630
NM_001394916.1 NCBI
AGGACACAAGAGUUUAUUCACCGCUAGGUGCACGGCCAACCCCUUUGCA… 5234 nt 0.4654
NM_001394917.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5042 nt 0.4639
NM_001394918.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5024 nt 0.4608
NM_001394919.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5021 nt 0.4609
NM_001394920.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5009 nt 0.4646
Showing 11 to 20 of 27 entries
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of latent TGF-beta binding proteins (LTBPs). The secretion and activation of TGF-betas is regulated by their association with latency-associated proteins and with latent TGF-beta binding proteins. The product of this gene targets latent complexes of transforming growth factor beta to the extracellular matrix, where the latent cytokine is subsequently activated by several different mechanisms. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the LTBP1 was down-regulated specifically by Kupffer cell-specific exposure to α-particles in liver tissue [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078]. In human trauma patients, the LTBP1 mRNA was significantly downregulated in circulating T cells during the injury stage compared to the recovery stage [Rau et al. DOI:10.2147/JIR.S375881].