Basic Information

Symbol
LTBP1
RNA class
mRNA
Alias
Latent Transforming Growth Factor Beta Binding Protein 1 Transforming Growth Factor Beta-1-Binding Protein 1 TGF-Beta1-BP-1 Latent-Transforming Growth Factor Beta-Binding Protein 1 LTBP-1 ARCL2E
Location (GRCh38)
2:32946472-33399509
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_206943.4
Sequence length
6502.0 nt
GC content
0.5129

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2275.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2393.26 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1694.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001394921.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 5006 nt 0.4632
NM_001394923.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 4889 nt 0.4643
NM_001394924.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 4883 nt 0.4639
NM_001394925.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 4865 nt 0.4606
NM_001394926.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 4865 nt 0.4621
NM_001394927.1 NCBI
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUU… 4739 nt 0.4613
NM_206943.4 NCBI
GGAGUGUCCCGCGCGCUCUCGCUCGCUCUCGGCCACCCUCGCCGGGCCC… 6502 nt 0.5129
Showing 21 to 27 of 27 entries
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of latent TGF-beta binding proteins (LTBPs). The secretion and activation of TGF-betas is regulated by their association with latency-associated proteins and with latent TGF-beta binding proteins. The product of this gene targets latent complexes of transforming growth factor beta to the extracellular matrix, where the latent cytokine is subsequently activated by several different mechanisms. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the LTBP1 was down-regulated specifically by Kupffer cell-specific exposure to α-particles in liver tissue [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078]. In human trauma patients, the LTBP1 mRNA was significantly downregulated in circulating T cells during the injury stage compared to the recovery stage [Rau et al. DOI:10.2147/JIR.S375881].