Basic Information

Symbol
LUM
RNA class
mRNA
Alias
Lumican SLRR2D LDC Keratan Sulfate Proteoglycan Lumican Lumican Proteoglycan KSPG Lumican Epididymis Secretory Sperm Binding Protein
Location (GRCh38)
12:91102629-91111512
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002345.4
Sequence length
2671.0 nt
GC content
0.3489

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-614.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -668.40 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 681.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002345.4 NCBI
AGUUCCGUCCUGACAGAGUUCACAGCAUAUAUUGGUGGAUUCUUGUCCA… 2671 nt 0.3489
Summary

This gene encodes a member of the small leucine-rich proteoglycan (SLRP) family that includes decorin, biglycan, fibromodulin, keratocan, epiphycan, and osteoglycin. In these bifunctional molecules, the protein moiety binds collagen fibrils and the highly charged hydrophilic glycosaminoglycans regulate interfibrillar spacings. Lumican is the major keratan sulfate proteoglycan of the cornea but is also distributed in interstitial collagenous matrices throughout the body. Lumican may regulate collagen fibril organization and circumferential growth, corneal transparency, and epithelial cell migration and tissue repair. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human corpus cavernosum tissue demonstrated that the LUM is a gene and protein marker highly expressed in all fibroblast clusters and in the SMC4 myofibroblast subcluster, with LUM+ cells widely distributed in the cavernosal trabecular region, as validated by immunohistochemical staining [Zhao et al. DOI:10.1038/s41467-022-31950-9].