Basic Information

Symbol
LY6E
RNA class
mRNA
Alias
Lymphocyte Antigen 6 Family Member E TSA-1 RIG-E SCA-2 Lymphocyte Antigen 6 Complex, Locus E Retinoic Acid-Induced Gene E Protein Retinoic Acid Induced Gene E Thymic Shared Antigen 1 Lymphocyte Antigen 6E Stem Cell Antigen 2 Ly-6E RIGE SCA2 9804 TSA1
Location (GRCh38)
8:143012722-143023832
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002346.3
Sequence length
1131.0 nt
GC content
0.6313

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-494.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -512.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 390.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001127213.2 NCBI
AGAGCGCGCGAGGUUCGGGGAGCUCGGCCAGGCUGCUGGUACCUGCGUC… 1126 nt 0.6314
NM_002346.3 NCBI
AGAGCGCGCGAGGUUCGGGGAGCUCGGCCAGGCUGCUGGUACCUGCGUC… 1131 nt 0.6313
Summary

This gene belongs to the human Ly6 gene family and encodes a glycosylphosphatidyl-inositol (GPI)-anchored cell surface protein. The protein plays an important role in T cell physiology, oncogenesis and immunological regulation. The protein is also involved in modulation of viral infection by coronaviruses, SARS-CoV, MERS-CoV and SARS-CoV-2. [provided by RefSeq, Aug 2021]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.