Basic Information

Symbol
LY6S
RNA class
mRNA
Alias
Lymphocyte Antigen 6 Family Member S LY6A Lymphocyte Antigen 6S
Location (GRCh38)
8:143040839-143048357
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001406478.1
Sequence length
2834.0 nt
GC content
0.5625

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1183.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1233.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 683.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001406477.1 NCBI
CUCUCUCUGGCAAGCCUGCAGGGCAAGUGGCUGAGAAUCAGCCAGAGGG… 2907 nt 0.5624
NM_001406478.1 NCBI
CUCUCUCUGGCAAGCCUGCAGGGCAAGUGGCUGAGAAUCAGCCAGAGGG… 2834 nt 0.5625
Summary

Predicted to enable acetylcholine receptor binding activity and acetylcholine receptor inhibitor activity. Predicted to be involved in acetylcholine receptor signaling pathway. Predicted to act upstream of or within response to bacterium. Predicted to be located in external side of plasma membrane. Predicted to be active in plasma membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the LY6S is expressed at low levels in stromal cells and very low levels in basal and lipogenic adipocytes within brown adipose tissue, serving as a stemness marker [Behrens et al. DOI:10.1016/j.molmet.2025.102252]. A study in mice demonstrated that the LY6S is expressed in endothelial cell cluster EC1 [Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680].