Basic Information

Symbol
LY9
RNA class
mRNA
Alias
Lymphocyte Antigen 9 SLAMF3 CD229 MLY9 Hly9 Signaling Lymphocytic Activation Molecule 3 T-Lymphocyte Surface Antigen Ly-9 Cell Surface Molecule Ly-9 SLAM Family Member 3 CD229 Antigen
Location (GRCh38)
1:160796074-160828483
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002348.4
Sequence length
2421.0 nt
GC content
0.5233

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-813.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -856.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 485.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001033667.3 NCBI
GAAAAUAGAUCAUCAUGGUGGCACCAAAGAGUCACACAGAUGACUGGGC… 1425 nt 0.5551
NM_001261456.2 NCBI
GAAAAUAGAUCAUCAUGGUGGCACCAAAGAGUCACACAGAUGACUGGGC… 2379 nt 0.5225
NM_001261457.2 NCBI
GAAAAUAGAUCAUCAUGGUGGCACCAAAGAGUCACACAGAUGACUGGGC… 2151 nt 0.5202
NM_002348.4 NCBI
GAAAAUAGAUCAUCAUGGUGGCACCAAAGAGUCACACAGAUGACUGGGC… 2421 nt 0.5233
Summary

LY9 belongs to the SLAM family of immunomodulatory receptors (see SLAMF1; MIM 603492) and interacts with the adaptor molecule SAP (SH2D1A; MIM 300490) (Graham et al., 2006 [PubMed 16365421]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in humans analyzing peripheral blood from burn patients identified the LY9 (LY9) as a key prognostic biomarker via LASSO and logistic regression, with its expression significantly higher in survival patients and correlated with T-cell subtypes [Zhang et al. DOI:10.3389/fgene.2022.908510].