Basic Information

Symbol
LZTS2
RNA class
mRNA
Alias
Leucine Zipper Tumor Suppressor 2 LAPSER1 KIAA1813 Leucine Zipper, Putative Tumor Suppressor 2 Leucine Zipper Putative Tumor Suppressor 2 Protein LAPSER1 HLZTS2
Location (GRCh38)
10:100996539-101007852
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001318100.2
Sequence length
2862.0 nt
GC content
0.6478

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1363.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1407.02 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 644.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001318099.2 NCBI
GAGCUGGGCAGGCUGCCAGAAAGAGGAGGAGGCUCUCGGUGCCCCAGGA… 2849 nt 0.6378
NM_001318100.2 NCBI
GGGGCUGGGCCGGGCAGCUCCGAGUGGCGGCGCGCGGGCCAGGGCCGGG… 2862 nt 0.6478
NM_001318101.2 NCBI
GGGGCUGGGCCGGGCAGCUCCGAGUGGCGGCGCGCGGGCCAGGGCCGGG… 2202 nt 0.6444
NM_001394944.1 NCBI
GAGCUGGGCAGGCUGCCAGAAAGAGGAGGAGGCUCUCGGUGCCCCAGGA… 2189 nt 0.6313
NM_001394945.1 NCBI
ACCAGGUCGGGCCAGGCGGGCGCCGGGAGCUGGGAGCCGGGAGCCCAGA… 2221 nt 0.6380
NM_001394946.1 NCBI
AGAAUAUUUGUGAAGCACGGCGUGUAAGAAGUUGUCUGUGUGAGUGACU… 2356 nt 0.6150
NM_001394947.1 NCBI
GGGGCUGGGCCGGGCAGCUCCGAGUGGCGGCGCGCGGGCCAGGGCCGGG… 2152 nt 0.6413
NM_001394948.1 NCBI
GAACCCGCAGGCCUGCUCACCUGGGCAGAUACCUACUCUAGGGAGGGGG… 2141 nt 0.6305
NM_001394949.1 NCBI
ACCAGGUCGGGCCAGGCGGGCGCCGGGAGCUGGGAGCCGGGAGCCCAGA… 2162 nt 0.6341
NM_001394950.1 NCBI
AGAAUAUUUGUGAAGCACGGCGUGUAAGAAGUUGUCUGUGUGAGUGACU… 3016 nt 0.6247
Showing 1 to 10 of 13 entries
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the leucine zipper tumor suppressor family of proteins, which function in transcription regulation and cell cycle control. This family member can repress beta-catenin-mediated transcriptional activation and is a negative regulator of the Wnt signaling pathway. It negatively regulates microtubule severing at centrosomes, and is necessary for central spindle formation and cytokinesis completion. It is implicated in cancer, where it may inhibit cell proliferation and decrease susceptibility to tumor development. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2015]

Forensic Context

A study in human neonates with hypoxic-ischemic encephalopathy (HIE) demonstrated that the LZTS2 was a top differentially expressed gene associated with adverse outcome in the high-income country cohort, where it was significantly downregulated (log2 fold change, −0.96) [Montaldo et al. DOI:10.1001/jamanetworkopen.2023.54433]. This gene interacts with the Wnt/β-catenin pathway and is known to be upregulated in cancer-induced hypoxia, indicating its role in the cellular response to acute hypoxic stress.