Basic Information

Symbol
MAGED2
RNA class
mRNA
Alias
MAGE Family Member D2 BCG1 11B6 Melanoma-Associated Antigen D2 MAGE-D2 HCA10 Hepatocellular Carcinoma-Associated Protein JCL-1 Breast Cancer-Associated Gene 1 Protein Melanoma Antigen Family D2 MAGE-D2 Antigen MGC8386 JCL-1 MAGED BCG-1 Hepatocellular Carcinoma-Associated Protein HCA10 Hepatocellular Carcinoma Associated Protein Breast Cancer Associated Gene 1 Melanoma Antigen Family D, 2 BARTS5
Location (GRCh38)
X:54807599-54816015
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_177433.3
Sequence length
2051.0 nt
GC content
0.5392

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-828.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -857.56 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 274.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_014599.6 NCBI
ACUUCCGGCCUAGAGAGGGGAGGGCAGUCUCCGAGUUUCGGAGGGGCUU… 2081 nt 0.5416
NM_177433.3 NCBI
GAGACUUCGAGAGGGACUUAGAGAAGGCAGACGCAUCCCGAACUCGCUG… 2051 nt 0.5392
NM_201222.3 NCBI
AGAGCUGCCGCGCUGGCACAUCUUCCUGGAGAAGGGGAGGGUGCGGCUG… 2136 nt 0.5403
Summary

This gene is a member of the MAGED gene family. The MAGED genes are clustered on chromosome Xp11. This gene is located in Xp11.2, a hot spot for X-linked intellectual disability (XLID). Mutations in this gene cause a form of transient antenatal Bartter's syndrome. This gene may also be involved in several types of cancer, including breast cancer and melanoma. The protein encoded by this gene is progressively recruited from the cytoplasm to the nucleoplasm during the interphase and after nucleolar stress and is thus thought to play a role in cell cycle regulation. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2017]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.