Basic Information

Symbol
MAGEL2
RNA class
mRNA
Alias
MAGE Family Member L2 NDNL1 NM15 Melanoma Antigen Family L2 Necdin-Like Protein 1 MAGE-Like Protein 2 Protein NM15 MAGE-Like 2 SHFYNG PWLS
Location (GRCh38)
15:23643549-23647867
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_019066.5
Sequence length
4319.0 nt
GC content
0.6117

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1762.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1829.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1297.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..................(((.(((((((.(((((((....(((..((.((((((.....(((.(((((((...((((...(((((((...(.((......)))..))))))).......(((((.(((((................(((((.(.(((...((.(((((((.(((((((((((.(((.......((((((((...((....((.((((((...)))))).))..)).))))...((.((((..(((((.......)))))..)))).)).)))).....))).))))(((((((......))))))))))).(((((....))))).)))..)))))..)).))...)))).)))))((((((((...)))))))).))))))))))((((((((....)))))))).((.((((..(((((.(((((((((((((....(((..((((((((.......))))....))))..)))......)))))))))))))..)).)))..)))).)).(((((((((((.....(((.(((((...........(((((......)))))....(((((....))))).....((((.(((((....(((.((((((.....(((((.(((((..........((((.(((((..((...........))..))))).))))((((((.((((.(((((....)))))....)))))).)))).(((((....)))))....))))).)))))......)))))))))....))))).))))..........(((.....)))..(((...)))....(((((.((((((..((.(((...))))).)))))).)))))...))))).))).......)))))))))))......((((((((.((.....)).))..))..))))..))))...))))))))))(((((..(((...)))..(((((.((((...)))).....((((((((..((.(((((((((((.....(((((((....(((.(((((((((((..(((...(((((.((((.....(((.(((..(((((.......(((((((((..(((......((((((.(((((.((((...)))).))))).....................(((..(((....)))..)))..))))))(((((((......(.((((.((((..((((..((((((((((((((....)))).((.(((((((((..(((((..((((((..(((((...........((((.((...(((((((..((((((.((((((.((((.....)))).))))))((.(..((((((...((((((...((..(((((.((((((....(((........((((((....((((((((.(...((((.....((......))..)))))))))))))....))))))........)))....)))))).......)).)))..))..))))))))).)))..).))((((.....)))).((((...((((.....)))).)))).))))))....))))))).)).))))(((..((((((......))..))))..)))........((((((.....)))))).)))))..))))))...)))...)).)).))))))).))...(((...((((((......))))))...))).)))))).))))..))))..(((((((((((.(((((((.((.............)).))))))).))))))))))).((((((.(((((((......)))))))..))))))...)))).)))))....))))))).)))..)))))))))........)))))..)))))))))).))...)))..)))..)))))).......(((((((.......)))))))((.(((((((((((((....((((.((((..(((((((((((((.(...........).))))).((((((((((((...(((((((((....(((..((((......(((..((((((((((...((((..(((((.......)))))..))))...)))...)))))))))).....(((.((((((((....(((((((..(((((.((((....)))).)))))...(((.....))).(((...(((((((....)))))))...))))))))))(((.......)))..........))))))))..))).......(((((....)))))))))..))).)))))))))...)))...)))))))))........((((((((((.......(((((.((.....)).)))))........(((.......))).......))))))))))(((.((((((..(((.(((....)))...)))...)))))))))........))))))))..)))).).)))))))).........((.(((((((((((((((((((((((((((...((((((.(((..((((....)))).....((..(((((((.((.......(.(((((((...(((.(((((((...(((((((....))))))).....))))))).....(((((......)))))......((((((...)))))).)))))))))))......)))))).)))..))((((.((((.....)))).))))......))))))))).....(((.(((((((((((.((...)).))).))))..(((...(((((.(......).)))))..)))..(((((..(((.(((....))))))..))))).........(((((((...)))))))))))..)))....))))..))))))))))).............((((((.((((((..((((....))))..)))))...).))))))...)))))))))))).)).)))))))).)).))))))))))))))).(((((((((......)))))))))....((((.(((((((....)).))))).)))).((((((..........))))))))))))))).))))....((((((((((((..((..(((.((((.((((.(.((((((((((..(((....)))..))))).(((((((.(((((.((.((((((.((((((((....(((......)))..)))))))).))))))....)).)))))(((((.((..((.(((((((..(((((...)))))))))))).))(((((((((((.((((((..(((((((.(((.((.....((((..(((.(((((..((((((.(((((((......)))))))))))))...))))))))..)))).........)))))(((((((...........))))))).......(((((.(((((.......))))))))))))))))).))))))))))))))))))).))))).)))))))(((((...((((..(((((..((((((((((((....(((..((((((((((((((.....))))).)))))..............)))))))......))))...))))))))....)))))..))))....)))))..))))).))))).)))))))..)).)))).(((((....(((((((.((((...))))...))))))))))))(((((...((((((.((((.....((....))....)))))))))).......)))))....((((((((...))))))))...))))))))..)))))))))))))....)))))..)))))).))))).....))).)))).))))))).))).((((((((((((.(((((((((((((((.......(((((...)))))...)))))....(((((((....)))))))((((((...((..(((..(.((.((((..((.(((((...((((((((((.........))))).......(((((.....)))))..))))).))))).))..))))))...)..))).))...))))))..........)))))))))).)).((((((((.....(((((.((((....(((((((..(((((.....)))))......(((((((..((.((.....))))..))))))).......(((((...(((((((....))).))))...)))))..))))..)))....)))).))))).....))))))))........)))))))))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,.....{{....(((.(((((((.(((((((....(({.,((.((((((.,{..{((,{((((((,..{((({,.((({{({,..(,((....,,}}|,,|}||||}..|,...(((((.(((((,.,,,...........{((((.{.(((.,.((.(((((((.((((,.((((({(((,({....(((((,,,..}||},..{{.((((((...)))))).}}..,}}))))...((.((((..(((((.......}))))..)))).)).))))}}...)))},||,(((((((......))))))).|||.(((((....))))).,||,,)}}}}|})).)),,|}))).)))))((((((((...}))))))}.})}}})))))((((((((.,,,)))))))).((.((((..(((((.(((((((((((((..{.{((.,((((((((.,....}))))....)))),,))).,,...)))))))))))))..)).)))..)))).)).(((((((((((.....(((.(((((..........,(((((......)))))....(((((....))))).....{(((.(((((....(((.((((((.....(((((.(((((.........,((((.(((((..((.,.......,.))..))))).))))|(((((.((((.(((((....)))))....)))))).)))}.(((((....)))))....))))),})))).....,),)))))))....))))),})))....|||...,|}}......|,.(((...)))....(((((.((((((..((.(((...))))).)))))).)))))...))))).)))....}..)))))))))))..,,,.(({,.,((,{{|||..}}.||,,,|,{|,...,|},,..{|||||}||}|(((({..((({,,|||{,({{{,.,,{{,|.}}||,....{{{(({{{..((.((((({((({{,....{{{(({{.,,,{||{{||||((((({..(((...(((((,((((...{((((.{((,,({(((,......{(({{((((,.|||,.....(((({{.(((((.((((...)))).))))).....................(((..(((..,,||}..}}}..|||}}}(((((({...,{{(.(({((((((,.({{{..,||||||||,((((....)))).((,(((({((((.,(((((..((((((,.(({((.......,.{{((((.((...(((((((..((((((.((((((.((((.....)))).)))))){,{{{....|||,..((((((...((..{{{{(,((((((....(((......{.((((((....((((((((.(...((((.....({......)}..)))))))))))))....)))))),.......)))....)))))).......,),)})..))..)))))).}}.|,|{{{.|,{{((.....)))),|||}.}}}}||....,))))}),}}.))))||,....||||}|{||.||},(((...))}}}.}}}}.},}}))})..))),,,.,,,,((((((.....)))))).||||}..}}})))...))},})),.)),)))))}}.)),..{{,...||||||..,,,,)})))),..}))})))))))})})..)))),.(((((((((((.(((((((.((,,.......},..)).))))))).))))))))))).||||||,{{{{|||,,....}}})}|}..)||))|.,.}}|||||||..,,,}||||||.}}),,)))})))}}.,{,....|}}}}..}}|||}||||.},...))),.)))..}))))).......{((((((.......))))))|{{.|||||{||||||||,,.,||{,||||,.{{||||||{,{||||||.....||..},}}}||,{(((((((({{{...{((((((((...,(((..((((......|||..((((((((((...((((..(((((.......)))))..))))...)))...))))))),}),,...{((.((((((((....(((((((..(((((.((((....)))).)))))...(((.....))).(((...(((((((....)))))))...)))))))))){{|,,.,,.,))),.........)))))))}}.))).......(((((....)))))))))..))).)))))))))...}))...))))))))}||......|||{({(((,,,|||,.|,,(({(({{{{{||.,|,,|.{{{({.,.,..,.}}}})},.},,...,,))))))))|,.{(((((({.(((.(((....)))...))).},))))))))).....,,,))))})}}..}})),).)))})))}...,,,...{(.(((((((((((((((((((((((((((...{..(((((.,..((((....})))..{{{((..,,,,|||}|,,.,,..,({{{((.(({.((((((((((((.......,,)}}}}|,.|.(((.((((((((.......(((((......)))))....{.{(((((...)))))),)))))))).))),..(((((.(.(((((...((((.((((.....)))).))))..........((((,{{...,).)))).(((((((.((...)).))),})))..))))).|.))))).}}.,)))).))).,}.,..{((((..(({,(((....))))))..))))}..}),}}))|((((((...))))))}))))}..,.....)))),.}))))))))}}.....,,,,,.,.((((((.{(((((..((((....))))..))))),,,).)))))),}})))))))))))).}}.))}))))).)),)))))))}))))))).(((((((((......)))))))))..,.((((,(((((((....)).))))).))))}||(((|{{|.,,|...}}}))))))))))}}.)))),,,.{({((((({({(.,((..{(({(((,{{(({{({(((,,(((((..(((....)))..))))).(({(({(,(((((.((.((((({.((((((((....(((,....,)))..)))))))).})))))....)).)))))|||||}}|,.((.((((((({{(({{,...})))}})))))).}|(((((((((((.(((((((((((((({.,,(,{{.....((((..(((.(((((..((((({,(((((((......)))))))))))))...))))))))..)))}.........|}|||(((((((...........)))))))..,,.....{{{.(((((......,)))))}})))))))}}))}})))))))))))))))}..}|||}.}}}}||}{{|||,,,{{{{||((((({{((.,,,...}}}}})))}})))}}.||||||||||,...,))))}||}|}}....}|,,,..},,,..,,}},..)))}}},,}})))),}},}|}.}}}})||)|||,...,,))},,},}}|.{||{,{||||,|,..,,..)))))))))...{(((((((.((((...))))...)))))))),}}}|{(({..,(((((,,((((.....{,....,}....))))))))))....,..))))),..,((((((({...})))))))}}}))))))|,.|)))))}}}|||,|....}))})|.}))))).})))}.....))).)))).))))))).))).{{((({({((((.((((((((({{{{{{....,..{((((...))))}..}})}})|||||((((((....))))))}{{,|,,.,.|,,}||,..||||{{({({{((.{{({,...,|||{{{(({.........|||||{.....||||||,.....,|||{{{{(({,..,,)})))),)),,....,..,}),,,,,}))))}},,,,,.....)))))))))).)).{(((((((.....(((((.((((....(({,{{{..,((((.....))))|,,..,,((({{((,.((,((.....}})},,)))}))).,.,,,.{{{{{,,.|{|{{{{....))),}))},..}))))..}))}..)))..,.)))).))))).....)))))))).,......}}}}}}}}}}.,||,...,}}},......},....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_019066.5 NCBI
ACUUCCUAUUCAGCAUUCAGCAGGGAGGGAGCCUCUGAACAGCCACGUA… 4319 nt 0.6117
Summary

Prader-Willi syndrome (PWS) is caused by the loss of expression of imprinted genes in chromosome 15q11-q13 region. Affected individuals exhibit neonatal hypotonia, developmental delay, and childhood-onset obesity. Necdin (NDN), a gene involved in the terminal differentiation of neurons, localizes to this region of the genome and has been implicated as one of the genes responsible for the etiology of PWS. This gene is structurally similar to NDN, is also localized to the PWS chromosomal region, and is paternally imprinted, suggesting a possible role for it in PWS. [provided by RefSeq, Oct 2010]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.