Basic Information

Symbol
MAPK8IP3
RNA class
mRNA
Alias
Mitogen-Activated Protein Kinase 8 Interacting Protein 3 JIP3 KIAA1066 JSAP1 Syd C-Jun-Amino-Terminal Kinase-Interacting Protein 3 Homolog Of Drosophila Sunday Driver 2 JNK MAP Kinase Scaffold Protein 3 JNK-Interacting Protein 3 JIP-3 JNK/Stress-Activated Protein Kinase-Associated Protein 1 Mitogen-Activated Protein Kinase 8-Interacting Protein 3 Stress-Activated Protein Kinase-Associated Protein 1 C-Jun-Amino-Terminal Kinase Interacting Protein 3 JNK/SAPK-Associated Protein-1 NEDBA SYD2
Location (GRCh38)
16:1706166-1770351
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001318852.2
Sequence length
5686.0 nt
GC content
0.6451

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2529.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2627.39 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1875.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(((((((.((((((((.((((((..((.(...(((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((......(((((((((((.(((.((((((((((((((((........))).)))))))(((((....)))))((((((((.((((((((.....((((((..((((.(((.((((..(((((.((((..((((((((((........))))))))))..))))..)))))..((((((((((((((((.((..((((.(((...(((((.((.......)).)))))...))).))))..))))).)))))....((((((((((..((....((((.(((((............)))))))))..))..)).((((.(((((.((.......)).))))).))))..))))))))(((((......)))))(.((((.((.(((((((..((((((...)))))).(((.(((((((((....(((........(((((.........((((((.......))))))..((((((((((((..((((.(((..........)))..)))).....))))))))(.(((((((.((((..((((..(((((((.....(((((((...))).))))...............(((((..(((.....)))....)))))...((((((((.(((((.(((...((..(((.....((((.(((((((((((.((((((.(..((((........)))).....).))))))))))))).....(((((...))))).........))))..))))(((((.(.((....)).).))))))))..)).)))))))).)))))).)).(((.((((((.((((((((....((((.....))))((((((((..(((((..(((((.....((((((((((((...(((.(((.(((((...((.((((((((.(((((.((((((((((((((((....(((.....)))..(((.(((((((((......((((.((.((((((......((...(((((.........)))))...)).......))).))).)).))))))))))..((((...((....))....)))).))).))))))))).))))))(((((((...)))))))....(((.......)))((((((....))))))((((((((((.(((.(((((((.((..((((......))))................((((........)))))).))))).......)).))).).))).)))))))))).)).))))))))))).))..((((....)))).(((((((((((((((..(......(((((((((.......)))))))))((((.........(((((....)).)))....(((...)))....((((........))))......(((((........))))).....((((((((((((((.((((((((..(((((((.((((((((((((...)))).(((.........))).............((.((((((.(((((.((((..((((.......((.(((((((.((((((((.((((............(((((.((.(((.....(((((.((((........))))..........)))))...))))).))))))))))))))))).)))))))))(.(((((...))))).).((.......)).((((((((.((((((((.((..(((.(..((((..((((.....))))..)).))..).)))..)).(((.....)))..(((.(........).))).)))))))))))))))))))))))).))))).)))))).))))))))))....)))))))......((((((((.((((((((..((..(((.........((((((((((.((((.(((....)))...))))........(((..((((.(((((...((((...))))..((.((((......)))).))....(((((...(((...(.((..((.(((((....)))))))..)).).)))....)))))..))))).))))..)))...)))))))))).((((((...(((((.((((((..(((((....))))).....((.(((.((((((.....))).))))))))((((......)))).((((((((.(......))))))).))))))))..))))).))))))(((..(((.(..((((....))))..).)))..)))(((((...(((.(((..(((.......)))((((.(((........).)).))))..((((((((((..(....)..)))).....))))))............(((..(((.((..((......))..))..)))...)))((((((((.......))).)))))(.((((((.....)))))).).....))).))).))))).))).)).))))))))...))))))))...(((.(((....))).))))))))))).)).((((((.((..((((....)).))..))...))))))....))))))))))))((((((.....(((((.(((((((((((.((((((.(((((((.(........(((((......))))).((.(((...))).))(((((....)))))((((...))))..((((..((((........)))).))))..((((((.((.((....((((((.((.....)).)))).)).....)))).))))))...((((.(((.(((.....)))))))))).).)).)))))..)).))))..)))).)))))))))))).......))))))....(((...)))))))...((((((((((.((..(((...)))..)).)))....(((((((((.......(.((((((((((((((((((.(..(((.(.(((...))).))))..)..(((((...))))).((((((....)).))))((((......))))))))))(((((((((.((((..(((..(((......)))))).(((((((.(((...))).)))....))))..)))).)))))))))....)))))))))))).))))))))))))))))).((((((((((((((.((....)))))))))))))).)))..))))).)))).)).)))).))))).))))))..(((((((((.((...((.((((((.....))))))))...).).)))))))))............)))))((((((((..(((...((((((((((........(((....)))(((((((...(((......))).)))).)))..)).)))))).))))))))))))).)))))))....))))).)))))....))))..)))).....(((......)))..(((((((....(((((((..........)))))))....))))))).))))))))..))))))))).))))))).....)))).))))))))))).))))).))))).(((((((((((((((((((((.((..((((......))))(((((((.((..(.((((.((((((.((((.((...(((((((((((.....(((...........(((((....)))))..)))....))))))))))).....)).)).)).))).))).)))))..)).))))).))((.((((((((...((((....((((.(((((((((.(((((.((((((((((((((..((((....))))..))))....((..((((((((........)))).))))..)))))))))))))))))...((((......)))))))))))))((.......))...))))....))))...))))))))))..))))))))))).....(((((((.(((((.......((((((..(((..(.(......).)..)))..)))))).(((((((.(((.(((.......)))...))).))).)))).((((((.((((((((((.((...((((((........))))))....)))))..))))).)).)))))))))))..((((....))))..))))).)).......((((((.......)))))).(((..((((((.((.(((.((((((((....(((((((.((((((.(((((.((((...((((.....))))))))..)))))))))))...((......))))))))))))))))).((((((((....((((((((.......))))))))..)))))))).))).)).))))))..))).))).))))))))))))...))))))))).)))((((((((.((((((((...((..((((((...((.........(((((.(((.((((((((.....)))).))))..)))))))))).))))))..)))))))))).)))))))).))))))).)))))).))))))))).(((.(((((((((((.........))))))))).)).))).(((((((((((((..(((((......)))))...))))).....)))))))))))))))))))))))))))))))...)).))))))))............)))))).)))..)))))))))))..((((((((((((((((.......((.....)))))))))))).))))))..((((((((((((((...(((.......((((((......))))))........)))....))))).......((..(((((((...)))))))..))...((((((((((.((..((((....(((......)))..))))....)).))))))))))..))))))))).(((((((.((((((((....((((.....(((((((((...)))))))))((((.((((((.(((........((((((...)))))).(((((........)))))((.(.((((((.((((...(((((((((((.((((.((.(((((.(((........))).)).)))..))..(((((((((((((((...))))).......)))))))..))).).)))))))))(((((.((.((....)).)).))))).......))))))))).)))))).).))..))))))))).)))))))).....)))))))))))))))...........)))))))))....)))..))))))((((..(((((....)))))..))))))))))))......(((((...(((..........)))))))))))))).......(((.....)))).)).)))))).).))))))))))))))))))((.((((.((.(((.(((.((.(((((((.......(((((.(((.(((.....(((....)))...))).).))...)))))...))))))))).))).))))).)))).))(((((...((((((....(((.(((((((((.....((((((.......))))))......)).)))......))))..)))....))))))....))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((..(((((({,((((((((.((((((..(({..{{((,(,((((((.(((,,,((({(((,((((.,((,..},}||||,(((((({,(((((((((.((((((((((........))).)))))))(((((....))))),,,,.(((((,,,,{{{{(((.({((((((((((,((((({,.|}|||,,.((((..((((((((((........))))))))))..)))).{||||{(,((((((..{{((({({,({,,((((.(((...({{({.{{......,)}.)))))...})).))))..}}|||{||||||,..{(((((((((..{(....((({{(((((...,....,...))))))))).,))..||,((((.(((((.((.......)).))))).))))..)))))}}}(((((......))))).(((,(((,(({((.((,....{||.,{{{{({{,.....,((((......,}}}.....,))))}.}},.,.||{{((({((.,,.,..}}||}}({(((...(((((((((((..(((..........}||,,{{.{{,{(((((.((....)).)))))))),}...,......{,.,,....{((((((...))).)))}........,,.....(((((.|{((.....)}},|..)))))...,{((((((.(((({({((...{{,,(((.....((((.(((((((((((.((((((.(.,((((.,.....,)))).}...).))))))))))))),{,.,(((((...))))).}...|||,})))..))))(((((.(.((....)).).)))))))).,)}.)))))))).)))))},}})))))))))))....)))))....((((....,))))..{{{.((((,({{{{{{((((({(({{({,.,.{(({(,,.((({{(,.({{{....(({((.,,((({((((({((((,,(((((((,.{{{{{......,.((((((((.(((..(((....))}.))))))))))),......{((..(({((({((,({.{(({({{.{{(({{,..,,(({..{{{{{((....}},{{,(({((.{,.,{{{,{{...{(({(({{({{{.{(({(,.({(((,,(((((({{.,,},,},,|},||{|{,,{||,,}|||{{{..,,||||||,{{{{{{{||,|||.{{,{{{(.,{,.((((......))))...,,.......}},.{{{{,.......)))}...))))),,},}}.)),))),},)}}.|||}}}{{{{{{{{|||{|({{,({{(,.(((((,.,.{||||,.,|,{,||||,|{{|,|{||||||||||||||}..}}}|}}}}},|((((,...,|||}|}}||||...,}}{(((((,,(((...}}}....((((........))))......(((((........)))))}...))))))(((((((..(((.((((((((((((.(.((((((((((((...)))),{....,,...}}|{{....}},.....{((((((((((((({.(((......))}......((.(((((((.((((((({,((((..........,.(((((.{(,(({..{,,(,.,,.,}}}}..,....,(({.....}})...,|||...,,}))}))})))))))))))))).))))))))){,(((({...}}})}.,.||.,,....}}.{(((((((.((((((((.((..(((.(.{((((..((((.....))))..)).}),,).)))..)).{((.....))}...,,.,....,...}.))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))......))))))))).)))).)))|}},},)),)})}}..))}})},,}..,||||((({{{{{{{,{((({({{.{{||||{,.,|||{,,....||{(.,||,||||{(,{{{((..,{{{||||.{{.((((......)))).}}.{{{(((((...({{...(,((,.((.(((((....)))))})..)).),))).,..)})))..))}||{{{||{{|}|||,|||||{{||}|{||||{|,.||||..||.||||.{{,,,.,|||{||||{|||||{|,,|{|{,||{{|,,||||{,||||}|{||}...,)}}||}.{{((((((.(......})))))).)}.|||||}||}.|||||(((({((.,(((.{..||||.,,.))))..),))),,}}||||(({,.(({{{....{||||||{,.||}|{.|.}},}})).))))}}.,|{((..(,((((((.({((....{,{|||{....,||||}},........,..|||...|}.)))}{,,,...,||.{{|{{||}|,.|||{((((({(....,..})|,)))|}{,{{{{{|,,,..))))})|.,,,,,.,}}}}..,}.}}}})},..)))))))..)}}}))).)))))),)..)))},.}))}))).)}.,))))).,,))}}))))))}}}).}}}))..........{((((({....}}}||||.,,,.{,{(((.....(((((.(((((((((((.((((((.((((({({(,,,.(((,{{,|||..||||},,{{((.(({...})).))||{{{....))))){{{{..})))}..((((.,({((......,}}))}})))}.,((((((.((.((....((((((.((.....)).)))).)).....)))).)))))).,.((((.(((.(((.....))))))))))}..}}.)))))..}).))))..)))),}))))))))))),,,.,.}))))))}})}|||..,))),,)))...,,||||||}|||||}|((((..((((((.{,....(((((((((.......{.((((((((((((((((((,..{((,..{,(({..((({,(((.(({,(((....}))))).))).{{....)).)))).,})).,...))))))))))(((((((((.((((..(((..(((......)))))).(((((((.(({...})).)))....))))..)))).)))))))))....)))))))))))).)))))))))){..{(({.((((((((((((({{((....)))))))))))))).))..)))}..,............{((((..(((((.....)).))).)))))}))))))..))))),||{|{{|{{..||{{{{{{{{|||},,...,.....||.}}|{||{,||}}|||,..|,||,|||||},......(((....)))((((,,,...|||}}}}},)))}))})})))..})})))))).))))))}))))}}.,{((|(((({......)))))}))}})))},}}}}...}}}}||.}}}},)}.({(((((((....(((((((..........)))))))....))))))).)),.}}}},..},}}||,..}}))}})))))))),|{|||||||||||{}}{||||||||,{||||||||}|((({(((((,.{(({(({(....,,))||(|{((((.((,.(.((((.((((({{{{{{,{{|,.(((((((((((...{.(((..........,(((({....})))),|))).,..))))))))))).,,,,||.|}|}}.,}}.}}),}}|}|,,}}.|||||.||((.((((((({...(({{...,{{{(,{(((((((({(((((.((({((((,{,(((((((.(((,..,.,....,}..,))).)))))))||}}},,}}})))))}.|||,,..,))),}||||||||...{{||}}|...}))}}|}}}||}}{{.{{,,..}},..)}})|,..))))...}}})))))||..||}||||||}}}|{|||||||,||}|||,...{((.{,{{{{,..,{,.|,||||,{||||||||,,}|||}|||||}|},,,,||}}.||.|||,{|||..{{..{{|||{{{,.,||||{.|||{,((((({(....|}}}||}.(({{{.,.})))),,,),}))..))}))})),}})}))))}},}))|}},.},}.||.,..,}..,)))))).,}|}}}}}..}}}.)))})),}}}}.||||||}||}|||}||||||{||},.,{||||...{{,{{,,..{{.,|||.}}||||}}}}})))))|||{{|||||,|||||{{{{{{{,..,|{{||,|||||}}|}}}.((((((((....((((((((.......))))))))..)))))))).,,}.,)}))),,)},}))}}}.||,{.,,||}}}}.{{{{{{|||,....(((((((((.((((((((...((..((((((...((.....,|{,||((({(((.{{{{((((.....)))),)))),,})))},,,}),)))))),.}})))))))).))))))))).{||||{..|||||||||{(({{,.,,|{|||||{||{||,,,,.,,,,)}))}}|||.((((((.(((((((((((({..(((((......)))))...))))),....))))))))...)))))).(((({{{{|||||{|||||||}||,},..,,.,,,.||||{|||||,,,||...{||||{||}},.,||{(((((((((({.............))))))))))))))}})})))},,|}.}.}}})),.|,|||.||||,.{(((({...}}}|||,|||,,..)))}))|,|||||||,{,.,,|{{..(((((((...))))))).,||,,.,|||||||||,}}}}|||(((((((((.(((({{{{.(((.,...,,..,.))),)))).....)))))).)))))))||||,,,,)))))})),.},.|||||||||}..||||}|}}|(((..,,,|||||||}|||||||||{|{{,.,))}}))||||||,}},,,.|||||,|||||||||},,..}}..,})))}))..}))))})}.}}))))},.,,,|,.....)))))},})))))))))}.|{||||((((((...)))))}..,,,,)))))}}},})))).))))))))))))|}}}}}|||,|}}||}.,},))}).))))},)))}))}|||(((,,..,||.}}})))})))),))))))})))}},||((((.....))))},..,,,.{{||||||||,....,,,..,,,)))||||}}|{(((....)))))}}))),))))))))}.....(((((...,((,,........)))))))).|||,,......}||...))))))).,,.)))))).).))))))))))))))))))((.((((.((.(((.(((.((.(((((((.......(((((.(({,(((...{.(((....))).,.))).).))...)))))...))))))))).))).))))).)))).))(((((...((((((....(((.((((.,{{,.....(((({,.,,,...}}}})).....,|||....,,}}.))))..)))....))))))....))))).........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001040439.2 NCBI
AGCCUCGGCAGCGGCGGCGGCGGAGCCCUGAGGCGACAGCAGCUGCGGG… 5631 nt 0.6464
NM_001318852.2 NCBI
AGCCUCGGCAGCGGCGGCGGCGGAGCCCUGAGGCGACAGCAGCUGCGGG… 5686 nt 0.6451
NM_015133.5 NCBI
AGCCUCGGCAGCGGCGGCGGCGGAGCCCUGAGGCGACAGCAGCUGCGGG… 5649 nt 0.6458
Summary

The protein encoded by this gene shares similarity with the product of Drosophila syd gene, required for the functional interaction of kinesin I with axonal cargo. Studies of the similar gene in mouse suggested that this protein may interact with, and regulate the activity of numerous protein kinases of the JNK signaling pathway, and thus function as a scaffold protein in neuronal cells. The C. elegans counterpart of this gene is found to regulate synaptic vesicle transport possibly by integrating JNK signaling and kinesin-1 transport. Several alternatively spliced transcript variants of this gene have been described, but the full-length nature of some of these variants has not been determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.