Basic Information

Symbol
MAPT
RNA class
mRNA
Alias
Microtubule Associated Protein Tau MTBT1 PPP1R103 Tau-PHF6 FTDP-17 Tau-40 MTBT2 MAPTL PPND MSTD Tau G Protein Beta1/Gamma2 Subunit-Interacting Factor 1 Tau-Derived Paired Helical Filament Hexapeptide Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 103 Microtubule-Associated Protein Tau Neurofibrillary Tangle Protein Paired Helical Filament-Tau MGC138549 FLJ31424 PHF-Tau DDPAC Microtubule-Associated Protein Tau, Isoform 4 FTD1 TAU
Location (GRCh38)
17:45894358-46028334
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001377265.1
Sequence length
6815.0 nt
GC content
0.5709

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2641.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2753.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1454.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.............(((((((((...((((((((((.((.((....((((.(((((.((.((.(((.((..........((((((.....((((..(((.(((((((((((((.((((..(((((.(((.........)))..))))).(((((.((....)).)))))..(((((.....)))))((((((.((.((((((.(((((.((((..(((((....(((((((.((.((((((...........)))).)).))..).))))))....).))))..))))....))))))))..((((((..(((((((...((((((.....((((((.((((...))))((((((..((....(((.....)))..)).))))))......((.((((((((..(..((((.((((((....))))....)).))))..)..)))))))).))))))))..(((((((.(..((((...))))..).))....)))))(((((((((...((((((..(((((....)))))))))))))))).)))).....((((....((((.....))))...))))((.....)))))))))))))))..))))))))).)))))))).(((.(((((...((((((((...)).).))))).))))).)))))))...)))))))))).)))..)))..(((((.((((((...((((((..((((((((........((((.(((...)))...))))...))))))...))..))))))....))).))).)))))((((((((((((((.((((..(((((...))))).)))))))))(((((......)))))((((.(((.(((.....)))...))).))))...))))))).))...(((.(((((.......)))))))).(((.....)))..))))....))))))((((...)))).))))).)).)).))))))))).((((((...(.((((..(((((((..((.((.((.((((...(((......))).....)))).))))))..).))))))..)))))...))))))...(((((...)))))((((((((((.(((....(((((((.((((.......((((((((((((((.((((((........))))))(((((((................))))))).....(((((((((((((.(((..(((((.((.....)))))))...(((((...)))))....(((((.((((((....(((.....)))....))))))....((.(((((((((..(((((((.((.(((((.(((((((...((((((((((((((.......(((((...)))))))))))))).....)))))............)))...))))))))))))))))))...)).))))))).)))))))(((((((((((((.(((((((((((((..........(((.(((.((((((....((((..((.(((((((((.((..((.(......).)).).).))))...))))))))))).....)).........)))).)))...)))......(((((((((.((.((.((((...(((((((.........(((((((((((((((.(((((((((.(((.((.((((((.....((((((((.(((....(((.(((((...))))).)))))).)))))))).......))))))..)).)))....(((...))).......((((((....((...(((.((((.....)))).(((....)))....))).....)).....)))))).....................))))))((((.((((........)))).))))...))))))))).(((.(((((((((.(((.((((((.(..(((((((.((.(((((((((((....((((((((.(((((((((.......(((((.((((.....)))))))))......(((((((((((....((((((((((((..(.(((((((.((...(((..(((.(((......))).))).....(((((((....)))...)))).)))...)))))).))).).....)))))..............(((((((.........)))))))......)))))))...((((............))))))))))))))).(((.((.....)).))).....(((((.((((((..(((((.(((..((((..((((..(((((..((.((((((....(((....))).....)))))).))....)))))..))))..))))..))).......((((((...))))))(((((.((((............))))((.(((((((..............................))))))).))...(((((((((..((((((....(((((((((...........(((.((((......)))).))).....((((((...(((((......(((((((...........((.(((..((.(((.((((((((...((...(((((.....(((((....))))).)))))...)).(((((((....)))))))))))))))))).))...))).)))))))))...)))))...))))))....................(((....)))))))))))).((((((.....)))))).((((((.((......)).))))))....))))))....)))))))))..)))))......((((((..((((((...(((.....)))...)))))).))))))((((((((((((.....(((.(((......))).))).....)).))))).)))))..))))).))))))))))).............((((((((.(((((.........))))).))))))))((((.....)))))))))))))))......((((.(((((((((.....)))))))))))))...)))))).((((((.......))))))...(((((((..((((....(.((.((((.(((....))).)))).)).)..)))))))).)))))).).))))))))).)))))))).)))))))))...))))).)))).))).)))))))))))))))).....).))))).)).)))))).)))((((((((.((((.(((((.......(((((((...(((((.......)))))(((..((((((...((((((.(.((......))(((((((.......)))))))).)))))))))))))))..(((((((((((((((((((((((((....)))))...........((((..((...........))..))))...))))))))))))(((..(((.....)))...)))...)))))))).)))))))....))))))))).)))).))))(((((....))).)))))))))).))))).))))))))).))))...((((.....))))....))).)))))).)))))))..((((.((((......))))......))))..)))))).....((((..((.((((((.......)))))).))))))....(((((((......))))))).))))))))....)))).)))))))..))).))))))..(((((((((((..........)))).)).))))).))))...((((.(.....).)))))).)).)))))))))).)))))...))))........((((((((.....(((((((.(.((..(((((((...((((((.((((((((.((....(((....)))....)).))))....((((.......)))).(((((((...(((((((.((((..((((.((((((((((((((((((((........)))))))))..((((((..........))))))........((((((.........))))))....(((.((((((((((((((..((((((.(((.(((((((..(((((((((.(((....(((((((((.(.((((((...(((((((.(((.((((....)))).)))))(((......((((((.((((....((((((.((((((((((((.((..((...(((((((..((((.(((..(((((((.......((((((.............))))))....))))).))))).))))..)))))))))..)).))))).))))))).))))))..)))).....)))))).....))))))))....)))))).).)))).))))).....(((((.......)))))....))).))))))..))).(((.(((.(((((.((((...)))).))))).))))))......)))))))..)))..))))))(((.(((.((((((..((((((((......))))).)))..)))))).))).)))(((((((((((((..........................(((.((((......)))).)))...((((............))))....((((.....)))).((((((........))))))(((((.((((.(((((((((((((((((..(((...)))..))))....))))))).(((((.((((...(((((.((((.(((((.((..(.(((((.((.(((((.((.(((((((..((((....(((...((((............))))...)))...))))((...))((((((((.(.(((.((((((((...(((.(((((...((((......((((.((((((.((.....(((((((((..((((....(((((.((((((((....)))((((......((((...((....))...))))))))....((((((((((((..(((..((((.(.((...)).).))))..)))...)))))))).))))(((((((((((((......)).)))))))).)))(((((..(((.....)))((((((.......)))))).((((........((((...(((((.....))))))))))))))))))))))))))))..)).((((((...))))))((((......))))....))..))))))))))))))).)))))).))))...))))))))...)))).)))).))).)..)))).)))))))))))))......(((((((..(((...(((((..((((...((((((....((((....))))))))))........))))....)))))...)))))))))).....((((((....))))))))))))).))))).)..)).)))))))))...(((...)))..)))))))))))))).........((((((((((((((((.....((((.....))))..............(((((((.(((((..(....(((((((((((...(((((((((((((((..(((..........))))))))))))))..))))...)))))))))))....)..))))).))).))))((((((..(.........)..))))))......(((((((((.....))))))))).(((......)))..)))))).)))))))))).((((((((..((((((........)))))))).))))))............((((.(((((((((((((........(((((...........((((..((.....))..))))..))))).......))).....)))))))))))))))))))))))).))))).......((..((.((((......))))))..)))))))..))).)))))............(((..(((((((.((((........)))))))))))...))).....)))))))))))))).)))..))))).(((((((((((((((.....(((((....((((((((((........))))...((((((((((((((((((((..........((((((((((((((...((((.((..((((((((..(((((((((......(((.((((.(((........((((((.((((((.............((((((((((....((((....))))..))))))))))..)))))).)))))).))).)))))))....)))))).)))....)))))..)))..)).)))).))))))))))).)))...((((((....))))))...........(((((((((..((((...))))..)))))))))))))))).(((((((.((((((((..((((((.((........))..))))))...))).)))))..)))))))....(((((.(((.........))).))))).............((((.......))))...))))))))))))).((((((....)))))).)))))).)))))..((((((((......)))))))))))))))......)))))))))))).))))))...)))).)))))))))))))).....)))).))))))..)))))))...........(((...)))...)).))))).)))....))))).)))..(((((..(((.....)))..)))))))))))).........(((((((((.......))))..))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((.............{((((((((...((((((((((.((((((.((((((.(((((.((.((.(((.((...,,...,,((({{(,,,,.{{{({,(({,(((((((((((((.((((..(((((.{{{..,,,,{,,||}..}}|||{,{{{{.{{,,,,}}.))))),,||{{|.....)))}|((((((.((.(((((,{(((((.((((..(((((....((((((,.((.((((((...........)))).)).))..}.))))))....}.})))..))))....)))))))}..((((((..(((((((...((((((.....((((((.((((...}))}((((({,,((....|||,....}))..)).))))))......((.((((((((..(..((((.((((((....))))....)).))))..)..)))))))).))))))))..(((((((.(..((((...))))..).))....)))))(((((((((...((((((,.{((((....))))))))))))))))},))),,,|{((({,...((((.....)))).,.))))|{.....)})))))))))))))..))))))))).))))))))}((({(((((...((((((((...)).)}}}))).))))).)))))))...)))))))))).|||{{,,,..,||||}((((((((,,,,(,({{((((((((......{{(.....,}}}..,,..}))))}..))))),...)),,||||||....}})}))).|||}|({(((({({(((((.((((..(((((...))))).)))))))))(((((......)))))|{{{.(((.(((.....)))...))).)))),.,)))))}),)),..{((.(((((,......)))))))),((({....,}}..)))),...)))))}((((...)))).))))).)).)).))))))))).)).))))..,.((((,,(((((({..((.((,((.((({,..(((.,,...}})..,,.)))}.)}})))..}.)))))),.)))))..||||}}||,.((((,...)))))||||}{((((.(((....(((((((.((((...(...((((((((((((((.((((((........))))))(((((((............,,..))))))).....(((((((((((((.(((..(((((.{{...,,))|||}}...(((({...})))),,,.(((((,(((((,..}}||||....,.}....,,}))|.,,.((.(((((((((..(((((((.((.((((((((((.{.((.{(({{(((((((((.......(((((...)))))))))))))},,,,,}}}},,....,....,.,))...))))))))))))))))))...)).))))))).))}))})||(((((((((((.((((((((((((({...((((..(((.(((.(((,,{,...(((,.,((.(((((((((.(,..((.{......,.}}.}.).))))...)))))))))))....,........{(((((((((,(((..,{{,...,,{((((((,((,((.{(((...(((((((........,(((((((((((((((.(((((((((.,,{.{(,{(({{{.....((((((((.(((....(((.(((((...})))).)))))).)))))))).......,|||||,,|.,|||....{{,...}}),...,,,|{{{((..,.||,,,|{,.((((.....)))).(((....)))....}}}...,.}}.....}}}})),,||||,...,..........))))))((((.((((........)))).))))...))))))))),(((.(((((((((.(((.((((((.(..(((((((.((.(((((((((((,,..((((((((.(((((((((.......(((((.((((.....)))))))))......(((((((((((....((((((((((((..{.(((((((.((...(((..(((.(((......))).))).....{((({((....)))...)}),.)))...)))))).))).,.....)))))..............(((((((.........)))))))......)))))))...((((............))))))))))))))).{((,((.....}}.}}}.....{((((.((((((...(((.((((((..((({,(({.....})).})}}..........,..)))))).))).|||{({{{{....{{(..,.||,|,,|||}}..|,,{,|.|||{||||...))))|||{|{|,|{{{........,...||||((.(((((((........{{.,{{.......}},.}}...))))))).)}...(((((((((..((((((....(((((((((..{{{{,...,({(,(({{.,,,,.))}).}))}}}..((((((...(((((....,.(((((((..,{.,,,...{{.,,,,,{{.(((.((((((((,,.({...{{{,({||..{{{{{,,..)))}}.,})))..,)).(((((((....)))))))))))))))))).,,...})),),)))))))...)))))...))))))....................(((....)))))))))))).((((((.....)))))).((((((.(({....,)).))))))....))))))....)))))))))..))))),.....{(((((..((((({...((,.....})}.},)))))).)))))|(((((((((({{.....,{{.{({......}}}.}},.....}}.))))).))))),..,,}},))))))))))}.{|||||,..,{{((((((((.(((((.........))))).))))))))||{|..,,,))},)))))))))))......((((.(((((((((.....)))))))))))))...)))))).((((((.......)))))).|.{({((((..((((....(.((.((((.(((....))).)))).)).)..))))))))})),))).).))))))))).)))))))}.)))))))))...)))))}}))).))).})))))))))))))))..,,}},}))}).}).)))))).})|({|{{(({,{,...{{{{||,.,,,}}|.,,|,..,|}}||,.}},,}))),)}).}))))))))}}}}},|})))))...))))|(((((((.......)))))))|{(((.{({(((({(({.{(((((((((((((((((((((({{(...,|||}}...........|{||..||..........,))..)))}}}}}})))))))))){((..(((.....)))...))}...)))))))).......,..,.)))),.))))))).)))))|,{({....))).,))))))))).))))).)))))))))})})),,,{(((.....))))....})).)))))),,))))))..((((,((((......)))).,....))))..)))))}.....((((..((.((((((.......)))))).)))))}....(((((((......))))))),))))))))....)))).)))))))..))).))))|{{{(((((((((((..........)))).)),})))).))))...((((.(.....).))))),.)).)))))))))).))))).,,)}}}.,,,,{{{(({{((((.....(((((((.(.({..(((((((...((((((.((((({{(,({...,((({{,.}||,{..},.,))),...((((.......)))).|||||||||.(((((((.((((..(({({(((((({....(((((((((........)))))))))..((((({..........))))))........((((((.........)))))),..(((((.((({..{(,.......}),.).))).)))))..((((((((({(({(((((((({.((((((((((((((((..((((((((((.(((((,,{,.{,|||..,((,....,.((((((,((((....((((((.((((((((((((.((..((...(((((((..((((.(((..(((((((.......((((((,,..........,))))))....))))).))))}.))))..)))))))))..)).))))},))))))).))))))..)))).....))))))..,,,)}).,,,..........((((((.......))))))))))).))))))))))}.(((((,...}}}||,{(({{.|||{{{({(((.{{{(,.,|||}.}||||(,{{{{,..,,},|{{{|,||{|{..(((.(((((,.(,...},).))))).)))(((((((((((...((,..({,{((((.....(((((((((.{({{,....................{{{{,{{{.||.|,,,,,,||||.,||,,.((((({{{,{({{{((({,{{{(((({{..,,,)}}|(((({,{||||{{|||}|{||({{,,,.)),}}})),,(((((((((((..(({...}))..))))...}))))))).(((((.(((,..{(((((.((({{(((((.((..(.(((((.(,{(((((.((.(((((((..((((....(((...((((............))))...)))...)))){{...})((((((((.{.(((.((((((((...(((.(((((...((((.{{{..(,((,{{((((.((.....(((((((((..((((....(((((.(((((.,....{((((,,,.....}||||...,,....}}...||||||||....((((((((((((..(((..((((.{.(,...}}.).))))..)))...)))))))).)))),},,}}.,,,.((((.(.(((((((((((((((.((((,.(((({.......((((((.......)))))).,))))).}..})))))))))........)))))))))}...)))),.))))))))))..)).((((((...))))))(({(,.....}))),...))..))))))))))))))).)))))),))))...)))))}}}...)))).)))).))).}..)))),,))))))))))},.....,(((((((..{((...(((((..((((..,((((((....((((....))))))))))........))))....)))))...)))))))))),....((((((....))))))))))))).))))).)..)).)))))))))...(((...)))..))))))))))))))..{{,,,,.{{{||||{{{{{{{((.....||,|}}}}})))|..{{{{{{,...,,{{{{{{,.||{{|.}||}|||,{,,,|||||}}.,||,{|||{||||||,}|||,........}))),))))}|||}...,,,,.,})})))))))))),){|{{,,,||.,|,,|,,,,,||{|..|,.}}}}..{|{{}},})),.{{,.(((((((((.....))))))))),|||..,,.||||..},)))).)))}}||||||,..,,}}}}}})))))))))...))))))),,.)).))))))))))).,,..|||||,|}}|}}||||,.||,.....}}{{},...}}..,.})))),)))}}((((.((((((((((({.....((((((((.{(,{{....)),}}}))))))).,((((((((((((..,,..,.(((((......)))))|{.{{{((((..,{{{{{,,..........}})))....}))))),)),.))))))))))))}|....|{.......)}..))))))))))))))))..,}}}}},..,,.))))))).)))),..}))),)}))})))))((((........))))...((((((((((((({({{{{{..........((((((((((((((...((((.((..((((((((..(((((((((......(((.((((.(((........((((((.((((((.............((((((((((....((((....))))..))))))))))..)))))).)))))).})).)))))))....)))))).)))....))))}.,)))..)).)))).)))))))))))},)).{.((((((....))))))...,.,.....{((((((((..((({...))))..)))))))))))))}}}{(((((((.{(((({{{..((((({......,,}}}))....))))..))))})))}}||}}}|}}}....(((((.(((.........))).))))).............{(((.......))))...))))))))))))).((((((....)))))).|.............{(((((((......)))))))).)),))))))))).......})))).))))))...)))).))))))),}}))),....})))).))))))..))))))){,.........{((...)))...}).}))))},))....))))),)}},,{((((..,,......,}}..}))))))))))}.{,{.....})}}|.,{|||...,,.|,,,,,,,,}.,},,....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001123066.4 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 6644 nt 0.5673
NM_001123067.4 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 5552 nt 0.5553
NM_001203251.2 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 5459 nt 0.5567
NM_001203252.2 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 5546 nt 0.5579
NM_001377265.1 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 6815 nt 0.5709
NM_001377266.1 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 6524 nt 0.5737
NM_001377267.1 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 4139 nt 0.5574
NM_001377268.1 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 5525 nt 0.5553
NM_005910.6 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 5639 nt 0.5565
NM_016834.5 NCBI
GCAGUCACCGCCACCCACCAGCUCCGGCACCAACAGCAGCGCCGCUGCC… 5465 nt 0.5550
Showing 1 to 10 of 12 entries
Summary

This gene encodes the microtubule-associated protein tau (MAPT) whose transcript undergoes complex, regulated alternative splicing, giving rise to several mRNA species. MAPT transcripts are differentially expressed in the nervous system, depending on stage of neuronal maturation and neuron type. MAPT gene mutations have been associated with several neurodegenerative disorders such as Alzheimer's disease, Pick's disease, frontotemporal dementia, cortico-basal degeneration and progressive supranuclear palsy. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.