Basic Information

Symbol
APOLD1
RNA class
mRNA
Alias
Apolipoprotein L Domain Containing 1 Apolipoprotein L Domain-Containing Protein 1 Vascular Early Response Gene Protein DKFZP434F0318 FLJ25138 VERGE BDVAS
Location (GRCh38)
12:12725917-12829975
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_030817.3
Sequence length
4594.0 nt
GC content
0.4549

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1514.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1604.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1102.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130415.2 NCBI
AGUGUGCAGGCAGGCGGGGGUGCGCGGGGCGGUCAGCGAUCUGCAGCUU… 4738 nt 0.4639
NM_030817.3 NCBI
AGAUUUUACUUUCCUGGAGGCAGACAGAAGUGAAUGGGAAUGGAGAGGC… 4594 nt 0.4549
Summary

APOLD1 is an endothelial cell early response protein that may play a role in regulation of endothelial cell signaling and vascular function (Regard et al., 2004 [PubMed 15102925]).[supplied by OMIM, Dec 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the APOLD1 mRNA expression was significantly increased in severe hypothermia compared to control and mild hypothermia, identifying it as a potential marker for hypothermia severity [Umehara et al. DOI:10.1007/s00414-018-1888-3]. In a separate investigation using a mouse model of skin contusion, RNA-seq analysis revealed the APOLD1 was upregulated in injured skin, and this finding was validated by RT-qPCR, supporting its role as a potential marker for vital reaction [Xu et al. DOI:10.1080/20961790.2017.1349639].